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万見
- PDB-3dzj: Crystal structure of human CD38 extracellular domain E226Q mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dzj
タイトルCrystal structure of human CD38 extracellular domain E226Q mutant, NMN complex
要素ADP-ribosyl cyclase 1環状アデノシン二リン酸リボース
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NMN complex / E226Q mutant / BETA SHEETS (Βシート) / ALPHA BUNDLE / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Diabetes mellitus (糖尿病) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Membrane (生体膜) / NAD / Polymorphism / Receptor / Signal-anchor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / NAD(P)+ヌクレオシダーゼ / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Jiang, H. / Graeff, R. / Lin, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Covalent and Noncovalent Intermediates of an NAD Utilizing Enzyme, Human CD38.
著者: Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Jiang, H. / Graeff, R. / Lin, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.
履歴
登録2008年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase 1
B: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3414
ポリマ－60,6712
非ポリマー6702
水6,666370
1
A: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6712
ポリマ－30,3351
非ポリマー3351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6712
ポリマ－30,3351
非ポリマー3351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.858, 53.228, 65.670
Angle α, β, γ (deg.)106.11, 91.97, 95.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase 1 / 環状アデノシン二リン酸リボース / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10 / CD38 antigen


分子量: 30335.400 Da / 分子数: 2 / 断片: Enzymatic domain: UNP residues 45-300 / 変異: Q49T, N100D, N164A, N209D, N219D, E226Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZ(alpha)A / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 (Invitrogen) / 参照: UniProt: P28907, NAD+ヌクレオシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / ニコチンアミドモノヌクレオチド / ニコチンアミドモノヌクレオチド


分子量: 335.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6.0, 15% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月21日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 41633 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YH3

1yh3


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.106 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2061 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.188 38959 100 %-
all-38959 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20.56 Å20.45 Å2
2--0.65 Å20.98 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4010 0 44 370 4424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7721.9455654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.395502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31623.958192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77915710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8261526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.211.52569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88924050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97531844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5374.51604
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 138 -
Rwork0.233 2566 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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