PDB-3dt5: C_terminal domain of protein of unknown function AF_0924 from Arc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dt5

タイトル

C_terminal domain of protein of unknown function AF_0924 from Archaeoglobus fulgidus.

要素

Uncharacterized protein AF_0924

キーワード

structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / APC7732 / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG /

Membrane (生体膜) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質)

機能・相同性

AF_0924 fold / AF_0924 domain / membrane => GO:0016020 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha /

細胞膜 / Uncharacterized protein AF_0924

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of C_terminal domain of protein of unknown function AF_0924 from Archaeoglobus fulgidus.
著者: OSIPIUK, J. / EVDOKIMOVA, E. / KUDRITSKA, M. / SAVCHENKO, A. / EDWARDS, A.M. / JOACHIMIAK, A.

履歴

登録	2008年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dt5.cif.gz	39.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dt5.ent.gz	31.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2e5e-d 3poi-1 3j6m-d 2bve-1 3uiz-5 5xmz-d 3mzt-4 5d7u-d 4wx8-3 2pnd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7732

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein AF_0924

ヘテロ分子

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.413, 65.413, 76.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-318- HOH

詳細

authors state that putative biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein AF_0924 分子量: 16048.986 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_0924 / プラスミド: pET15b modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29338
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M calcium chloride, 25% PEG 5500 MME, 0.1 M Bis-Tris buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月14日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 12898 / Num. obs: 12898 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 27.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.293 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 23.3 % / R_merge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / Num. unique all: 634 / Χ²: 0.884 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.94→33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.881 / SU B: 5.352 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	626	4.9 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
all	0.171	12850	-	-
obs	0.171	12850	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.78 Å² / B_iso mean: 42.192 Å² / B_iso min: 25.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1003	0	5	89	1097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.967	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.372	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.592	24.182	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.244	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.669	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.079	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.078	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.193	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.055	1.5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.719	2	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.654	3	525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.21	4.5	460

LS精密化シェル

解像度: 1.939→1.989 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	35	-
R_work	0.21	888	-
all	-	923	-
obs	-	923	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5778	10.5485	-0.4238	29.775	-1.8641	13.0781	-0.0646	0.0505	-0.6663	0.4176	-0.0185	-3.1862	1.1081	1.1544	0.0831	-0.0319	0.0136	-0.071	0.0533	-0.0314	0.1562	29.9447	17.7368	12.9412
2	0.603	-1.8104	-0.1635	6.3126	0.2153	0.1311	0.002	0.0443	0.0437	0.364	0.068	-0.3234	0.0491	-0.0028	-0.07	-0.0539	-0.0043	-0.0385	-0.1115	-0.01	-0.0718	20.1522	31.3033	15.7684
3	0.8495	-2.7999	-1.5361	9.2471	5.2489	4.6235	-0.028	0.0033	-0.0039	-0.1168	0.1061	-0.4298	0.0031	0.0785	-0.0782	-0.0904	-0.0096	0.009	-0.1261	-0.0134	-0.0595	21.5517	36.8174	7.2711
4	3.2826	2.0604	0.9709	5.47	-0.0302	0.3851	0.3225	0.0996	0.0217	-0.0673	-0.1521	-0.2038	-0.0122	-0.0766	-0.1704	-0.059	0.0163	0.0156	-0.0885	-0.0003	-0.1027	21.6973	26.7169	3.8653
5	3.5756	4.2653	-0.1973	5.1094	-0.1146	0.6948	0.2771	0.099	0.1643	0.1057	-0.0766	0.0051	0.2044	0.0249	-0.2004	-0.0835	-0.0156	0.0064	-0.0814	0.0013	-0.0721	19.921	17.4175	5.8623
6	3.0982	-1.8678	1.5633	1.1262	-0.9155	9.703	0.1722	-0.0333	-0.107	0.2806	-0.1289	0.0988	0.0922	0.013	-0.0433	-0.1067	-0.0328	-0.0051	-0.0968	-0.0127	-0.0516	12.3689	19.8085	5.3423
7	7.9257	-0.827	1.719	14.621	-3.4753	1.1202	0.2884	0.3374	-0.5637	-0.9045	-0.2071	-0.4349	0.359	-0.0039	-0.0812	0.0171	-0.0173	-0.0448	-0.0643	0.0096	-0.0851	12.92	35.3617	3.6346
8	0.7238	1.2962	0.7985	2.4456	1.0017	2.3534	-0.0629	-0.0567	0.128	0.1291	0.0434	0.2208	0.0621	-0.0446	0.0195	-0.1057	0.0271	-0.0003	-0.1111	-0.0046	-0.0594	10.4712	40.8008	13.2055
9	4.102	-3.479	0.8533	11.695	-3.2512	0.908	-0.1883	0.0937	-0.2994	-0.2587	0.3229	0.3376	0.3275	-0.4896	-0.1346	-0.1307	-0.055	0.0013	-0.0284	-0.0497	-0.0714	5.6986	29.232	9.8484
10	0.2523	0.0168	-0.1346	2.6173	0.8439	3.0407	0.0453	-0.079	0.1323	0.2502	-0.0891	0.0411	0.3595	-0.2564	0.0439	-0.0085	-0.0395	0.0059	-0.1296	0.0031	-0.106	14.9094	19.7288	16.8227
11	8.8714	0.8013	-0.5306	6.9996	0.0578	1.7681	0.0534	-0.3388	0.1329	0.6758	0.132	-0.4057	-0.1164	-0.0498	-0.1854	0.0051	-0.0316	-0.1001	-0.1097	-0.0117	-0.1158	24.2522	12.0541	19.5328
12	56.4949	-10.6591	41.0921	23.2512	-7.9768	29.891	-1.5257	-6.5822	1.7101	4.9564	2.5395	-0.7901	0.061	-3.174	-1.0138	1.1173	0.0263	-0.1012	0.9633	0.1425	0.5481	27.185	12.0465	27.0384
13	6.2131	-0.6679	2.1731	14.5244	-5.5048	14.1291	-0.2596	-0.2501	-0.1703	0.4685	0.2155	0.5934	0.1171	-0.4978	0.0441	-0.0124	-0.1094	0.0901	-0.0838	-0.0523	-0.1165	10.3891	29.3802	20.3273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	77 - 87	15 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	88 - 102	26 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	103 - 110	41 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	111 - 117	49 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	118 - 123	56 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	124 - 128	62 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	129 - 137	67 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	138 - 149	76 - 87
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	150 - 160	88 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	161 - 168	99 - 106
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	169 - 177	107 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	178 - 183	116 - 121
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	184 - 195	122 - 133

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)