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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dr1 | ||||||
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タイトル | Side-chain fluorine atoms of non-steroidal vitamin D3 analogs stabilize helix 12 of vitamin D receptor | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION/TRANSFERASE / GENE REGULATION / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Activator / Acyltransferase / Alternative splicing / Chromosomal rearrangement / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene / Transferase / Ubl conjugation / GENE REGULATION-TRANSFERASE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity ...heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / hematopoietic stem cell proliferation / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / heart looping / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / ossification / calcium ion homeostasis / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / positive regulation of neuron differentiation / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to progesterone / nuclear receptor binding / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / PPARA activates gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / RNA polymerase II transcription regulator complex / cerebral cortex development / nuclear receptor activity / male gonad development / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / cell differentiation / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of apoptotic process / chromatin binding / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sato, Y. / Rochel, N. / Moras, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008 タイトル: Superagonistic fluorinated vitamin D3 analogs stabilize helix 12 of the vitamin D receptor. 著者: Eelen, G. / Valle, N. / Sato, Y. / Rochel, N. / Verlinden, L. / De Clercq, P. / Moras, D. / Bouillon, R. / Munoz, A. / Verstuyf, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dr1.cif.gz | 68.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dr1.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dr1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dr1_validation.pdf.gz | 698.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dr1_full_validation.pdf.gz | 705.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dr1_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dr1_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3dr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3dr1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2hc4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34060.672 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: vdra, nr1i1a, vdr / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21de3 / 参照: UniProt: Q9PTN2 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1776.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-C5D / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Li sulfate 1.6M, Mg sulfate 50mM, Bis Tris 0.1M , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si(311) or Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10290 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 56.8 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 30.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 20.5 % / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Num. unique all: 990 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HC4 解像度: 2.7→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.8 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å
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