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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dmh | ||||||
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タイトル | T. Thermophilus 16S rRNA N2 G1207 methyltransferase (RsmC) in complex with AdoMet and Guanosine | ||||||
要素 | Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / monomethyltranserase / 16S rRNA methyltransferase / N2 G1207 methyltransferase / S-Adenosyl-L-Homocysteine (S-アデノシル-L-ホモシステイン) / Translation (翻訳) / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / tRNA processing / nucleic acid binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Crystal Structure of the Thermus thermophilus 16 S rRNA Methyltransferase RsmC in Complex with Cofactor and Substrate Guanosine. 著者: Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dmh.cif.gz | 97.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dmh.ent.gz | 73.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dmh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dmh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41537.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytoplasm 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0533 / プラスミド: pET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 (Star) 参照: UniProt: Q5SKW0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SAM / | #4: 化合物 | ChemComp-GMP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microbatch technique under oil / pH: 8.5 詳細: 0.085 M TRIS HCl (pH 8.5), 25.5% w/v PEG4000 15% glycerol, microbatch technique under oil, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9797 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008 詳細: Slits: Variable vertical and horizontal slits. Monochromator: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. ...詳細: Slits: Variable vertical and horizontal slits. Monochromator: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable between 2.5 and 4.5 m. Distance from the monochromator to source is ~10.5 m. |
放射 | モノクロメーター: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable ...モノクロメーター: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable between 2.5 and 4.5 m. Distance from the monochromator to source is ~10.5 m. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 57244 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3603 / % possible all: 81.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.679 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FOR STRUCTURE DETERMINATION, AUTHORS STATE THAT THE INITIAL MODEL IS SOLVED BY USING ANOMALOUS DATA ON A CRYSTAL DIFFERENT FROM WHAT WAS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FOR STRUCTURE DETERMINATION, AUTHORS STATE THAT THE INITIAL MODEL IS SOLVED BY USING ANOMALOUS DATA ON A CRYSTAL DIFFERENT FROM WHAT WAS DESCRIBED IN REMARK 200. THE FINAL STRUCTURE WAS REFINED BY USING THE INITIAL MODEL AND THE DATA DESCRIBED IN REMARK 3 AND REMARK 200.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.107 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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