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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dfr | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI AND LACTOBACILLUS CASEI DIHYDROFOLATE REDUCTASE REFINED AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION. I. GENERAL FEATURES AND BINDING OF METHOTREXATE | |||||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASEジヒドロ葉酸レダクターゼ | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDO-REDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to methotrexate / glycine biosynthetic process / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactobacillus casei (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Filman, D.J. / Matthews, D.A. / Bolin, J.T. / Kraut, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Crystal structures of Escherichia coli and Lactobacillus casei dihydrofolate reductase refined at 1.7 A resolution. I. General features and binding of methotrexate. 著者: Bolin, J.T. / Filman, D.J. / Matthews, D.A. / Hamlin, R.C. / Kraut, J. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Crystal Structures of Escherichia Coli and Lactobacillus Casei Dihydrofolate Reductase Refined at 1.7 Angstroms Resolution. II. Environment of Bound Nadph and Implications for Catalysis 著者: Filman, D.J. / Bolin, J.T. / Matthews, D.A. / Kraut, J. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Crystal Structure of Avian Dihydrofolate Reductase Containing Phenyltriazine and Nadph 著者: Volz, K.W. / Matthews, D.A. / Alden, R.A. / Freer, S.T. / Hansch, C. / Kaufman, B.T. / Kraut, J. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1979 タイトル: Interpretation of Nuclear Magnetic Resonance Spectra for Lactobacillus Casei Dihydrofolate Reductase Based on the X-Ray Structure of the Enzyme-Methotrexate-Nadph Complex 著者: Matthews, D.A. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979 タイトル: Dihydrofolate Reductase from Lactobacillus Casei. Stereochemistry of Nadph Binding 著者: Matthews, D.A. / Alden, R.A. / Freer, S.T. / Xuong, N.-H. / Kraut, J. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1978 タイトル: Dihydrofolate Reductase from Lactobacillus Casei. X-Ray Structure of the Enzyme-Methotrexate-Nadph Complex 著者: Matthews, D.A. / Alden, R.A. / Bolin, J.T. / Filman, D.J. / Freer, S.T. / Hamlin, R. / Hol, W.G.J. / Kisliuk, R.L. / Pastore, E.J. / Plante, L.T. / Xuong, N.-H. / Kraut, J. #6: ジャーナル: Science / 年: 1977 タイトル: Dihydrofolate Reductase. X-Ray Structure of the Binary Complex with Methotrexate 著者: Matthews, D.A. / Alden, R.A. / Bolin, J.T. / Freer, S.T. / Hamlin, R. / Xuong, N. / Kraut, J. / Poe, M. / Williams, M. / Hoogsteen, K. #7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1970 タイトル: Properties of Thymidylate Synthetase from Dichloromethotrexate-Resistant Lactobacillus Casei 著者: Crusberg, T.C. / Leary, R. / Kisliuk, R.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dfr.cif.gz | 61.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dfr.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dfr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/3dfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/3dfr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEE REMARK 6. / 2: SEE REMARK 7. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18345.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) 参照: UniProt: P00381, ジヒドロ葉酸レダクターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MTX / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.57 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 24380 / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
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-解析
精密化 | Rfactor Rwork: 0.152 / 最高解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 24380 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |