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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cnl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GNP-bound YlqF from T. maritima | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / YlqF / circular permutation / GNP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, D.J. / Jang, J.Y. / Yoon, H.-J. / Suh, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of YlqF, a circularly permuted GTPase: Implications for its GTPase activation in 50 S ribosomal subunit assembly 著者: Kim, D.J. / Jang, J.Y. / Yoon, H.-J. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cnl.cif.gz | 109.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cnl.ent.gz | 84.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cnl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cnl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29642.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM_0768 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZM6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES (pH 7.5), 5% (v/v) isopropanol, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.23985 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.23985 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 19460 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Num. unique all: 19460 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→19.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 10.822 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.761 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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