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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cgt | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH ITS MAIN PRODUCT BETA-CYCLODEXTRIN | |||||||||
要素 | CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE | |||||||||
キーワード | GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / STARCH DEGRADATION / CYCLODEXTRIN (シクロデキストリン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus circulans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Schmidt, A.K. / Schulz, G.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structure of cyclodextrin glycosyltransferase complexed with a derivative of its main product beta-cyclodextrin. 著者: Schmidt, A.K. / Cottaz, S. / Driguez, H. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Catalytic Center of Cyclodextrin Glycosyltransferase Derived from X-Ray Structure Analysis Combined with Site-Directed Mutagenesis 著者: Klein, C. / Hollender, J. / Bender, H. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Structure of Cyclodextrin Glycosyltransferase Refined at 2.0 A Resolution 著者: Klein, C. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 1990 タイトル: Molecular Cloning, Nucleotide Sequence and Expression in Escherichia Coli of the Beta-Cyclodextrin Glycosyltransferase Gene from Bacillus Circulans Strain No. 8 著者: Nitschke, L. / Heeger, K. / Bender, H. / Schulz, G.E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cgt.cif.gz | 144.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cgt.ent.gz | 117.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cgt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/3cgt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/3cgt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74507.008 Da / 分子数: 1 / 変異: E257A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 株: 8 / 細胞内の位置: EXTRACELLULARGlossary of biology / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 参照: UniProt: P30920, cyclomaltodextrin glucanotransferase | ||
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#2: 多糖 | Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin / シクロデキストリン | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.9 / 詳細: pH 6.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→29.24 Å / Num. obs: 42278 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.41→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 71.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 183009 / Rmerge(I) obs: 0.096 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.5 % / Rmerge(I) obs: 0.266 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1F / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.288 |