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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cax | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized protein PF0695 | ||||||
要素 | Uncharacterized protein PF0695 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Domain of unknown function DUF438 / Family of unknown function (DUF438) / PAS domain / nmb1532 protein domain like / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PAS domain superfamily ...Domain of unknown function DUF438 / Family of unknown function (DUF438) / PAS domain / nmb1532 protein domain like / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PAS domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Ramagopal, U.A. / Hu, S. / Toro, R. / Gilmore, M. / Bain, K. / Meyer, A.J. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein PF0695. 著者: Ramagopal, U.A. / Hu, S. / Toro, R. / Gilmore, M. / Bain, K. / Meyer, A.J. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cax.cif.gz | 87.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cax.ent.gz | 66.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cax.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cax | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43614.312 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 118-475 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 生物種: Pyrococcus furiosusピュロコックス・フリオスス 株: DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0695 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2Y3 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.02 % 解説: The data set that was collected at the NSLS beamline X4C has been used for SAD |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium(tri-)citrate pH 7.0, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.43→50 Å / Num. all: 24050 / Num. obs: 24050 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.116 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.49 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique all: 2337 / Rsym value: 0.547 / Χ2: 0.567 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.43→34.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 13.852 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.504 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→34.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.43→2.494 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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