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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bfh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a pheromone binding protein from Apis mellifera in complex with hexadecanoic acid | ||||||
要素 | Pheromone-binding protein ASP1 | ||||||
キーワード | PHEROMONE BINDING PROTEIN / Honeybee / Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / signal transduction (シグナル伝達) / queen mandibular pheromone / hexadecanoic acid / PHEROMONE-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Apis mellifera (セイヨウミツバチ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structural basis of the honey bee PBP pheromone and pH-induced conformational change 著者: Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bfh.cif.gz | 39.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bfh.ent.gz | 26.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bfh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/3bfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/3bfh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13194.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-144 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U9J6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-PLM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月29日 / 詳細: toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→58.72 Å / Num. all: 11157 / Num. obs: 11157 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 32.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1604 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1R5R 1r5r 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.913 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.526 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.138 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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