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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3aqq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human CRHSP-24 | ||||||
要素 | Calcium-regulated heat stable protein 1 | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / compact beta-barrel / Cold shock domain / ssDNA binding (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic exosome (RNase complex) / P granule / phosphatase binding / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / intracellular signal transduction / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.798 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, H. / Wang, F. / Zhang, W. / Wang, D. / Li, X. / Bartlam, M. / Yao, X. / Rao, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: CRHSP-24 is a novel cargo adaptor trafficking between stress granules and processing bodies 著者: Hou, H. / Wang, F. / Zhang, W. / Wang, D. / Li, X. / Bartlam, M. / Yao, X. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3aqq.cif.gz | 84 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3aqq.ent.gz | 68.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3aqq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/3aqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/3aqq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15914.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARHSP1 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y2V2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate, 2.0M sodium formate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.798→50 Å / Num. obs: 16210 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.798→45.603 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.072 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.798→45.603 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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