PDB-3alp: Cell adhesion protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3alp

タイトル

Cell adhesion protein

要素

Poliovirus receptor-related protein 1

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) / immunoglobulin-like domain / V-set / C2-set

機能・相同性

機能・相同性情報

Nectin/Necl trans heterodimerization / desmosome organization / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / growth cone membrane / enamel mineralization / cell-cell contact zone / Adherens junctions interactions /

virion binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.804 Å

データ登録者

Narita, H. / Nakagawa, A. / Suzuki, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the cis-Dimer of Nectin-1: implications for the architecture of cell-cell junctions
著者: Narita, H. / Yamamoto, Y. / Suzuki, M. / Miyazaki, N. / Yoshida, A. / Kawai, K. / Iwasaki, K. / Nakagawa, A. / Takai, Y. / Sakisaka, T.

履歴

登録	2010年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3alp.cif.gz	247.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3alp.ent.gz	209.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3alp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/3alp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/3alp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fmf-1 3u83-1 6dld-1 4fmf-2 7749 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (4) #204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (2) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (3) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (3) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (4)
#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (2)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (3)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Poliovirus receptor-related protein 1

B: Poliovirus receptor-related protein 1

ヘテロ分子

74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.924, 164.924, 164.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Poliovirus receptor-related protein 1 / Herpes virus entry mediator C / Herpesvirus entry mediator C / HveC / Nectin-1 / Herpesvirus Ig- ...Herpes virus entry mediator C / Herpesvirus entry mediator C / HveC / Nectin-1 / Herpesvirus Ig-like receptor / HIgR 分子量: 36938.492 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular region (UNP RESIDUES 30-335) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HVEC, PRR1, PVRL1 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15223
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.69 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1% PEG 3350, 50mM Bis-Tris propane, 50mM citric acid, 6% hexane-1,6-diol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	1	0.9
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	2	1.07195

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
Bruker DIP-6040	1	CCD	2009年3月9日	mirror
Bruker DIP-6040	2	CCD	2009年2月10日	mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	1.07195	1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 36109 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.4

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 13666 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL2Map		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.804→35.989 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2255	1747	5.03 %	RANDAM
R_work	0.1899	-	-	-
obs	0.1917	34698	94.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.604 Å² / k_sol: 0.309 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.804→35.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4646	0	34	37	4717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.247	6544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.46	1725
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	741
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	861

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8038-2.8863	0.3297	108	0.2546	2450	84
2.8863-2.9794	0.3026	126	0.2498	2491	87
2.9794-3.0858	0.2848	134	0.2453	2559	89
3.0858-3.2093	0.2847	149	0.2352	2655	92
3.2093-3.3552	0.2903	160	0.2184	2673	94
3.3552-3.532	0.274	132	0.205	2780	96
3.532-3.7531	0.2305	148	0.194	2803	97
3.7531-4.0425	0.2353	159	0.1817	2845	97
4.0425-4.4486	0.1876	165	0.1471	2862	99
4.4486-5.0908	0.2038	145	0.1375	2914	99
5.0908-6.408	0.1914	153	0.1733	2949	100
6.408-35.9923	0.1898	168	0.1952	2970	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4891	0.8743	0.5841	1.3487	0.7215	1.6688	-0.048	0.2301	0.15	-0.0638	0.3029	-0.2606	-0.0683	0.3414	-0.1921	0.2735	-0.0049	0.0943	0.4709	0.0904	0.4101	42.5932	36.8901	4.5368
2	0.4735	0.4148	-0.1888	0.1727	0.9556	1.6708	-0.0345	-0.0906	0.2582	0.1328	-0.0133	0.1845	0.258	0.1526	0.0266	0.3104	0.05	0.1657	0.2147	0.0584	0.3164	26.6231	49.1195	37.8937
3	-0.0753	-0.1435	0.4074	2.4885	2.6765	3.7484	-0.4288	-0.0446	0.0918	0.6769	-0.5258	0.8806	0.2527	-0.1081	0.702	0.932	-0.0912	0.3497	0.5042	-0.3064	0.7978	23.1847	71.0357	74.1203
4	2.2206	1.4045	0.4984	2.0582	0.8885	0.5926	-0.2342	0.2331	-0.0106	-0.2403	0.2404	-0.0379	0.0938	0.168	0.0219	0.3186	0.0228	0.1063	0.3674	0.0995	0.2251	32.8047	17.8231	-7.1463
5	1.0156	1.8443	-0.7773	2.5132	-1.3454	1.6017	0.026	0.012	0.068	-0.1303	-0.0259	-0.037	0.2241	-0.2054	-0.0026	0.2752	0.0183	0.1091	0.3279	0.134	0.3075	11.2403	-8.4711	11.009
6	2.3827	2.5516	-1.4051	2.1506	-1.4343	0.5188	-0.5952	0.6533	-0.3447	-0.6786	0.2786	-0.4208	0.3317	-0.4253	0.2622	0.7167	-0.2857	0.2358	0.5674	-0.0925	0.4556	-12.5245	-44.2009	15.9795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 21:130)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 131:231)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 232:321)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 18:130)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 131:231)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 232:321)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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