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- PDB-351c: STRUCTURE OF CYTOCHROME C551 FROM P. AERUGINOSA REFINED AT 1.6 AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 351c
タイトルSTRUCTURE OF CYTOCHROME C551 FROM P. AERUGINOSA REFINED AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON OF THE TWO REDOX FORMS
要素CYTOCHROME C551
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / シトクロムc / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c-551
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Matsuura, Y. / Takano, T. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Structure of cytochrome c551 from Pseudomonas aeruginosa refined at 1.6 A resolution and comparison of the two redox forms.
著者: Matsuura, Y. / Takano, T. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1978
タイトル: Pseudomonas Cytochrome C551 at 2.0 Angstroms Resolution. Enlargement of the Cytochrome C Family
著者: Almassy, R.J. / Dickerson, R.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: The Cytochrome Fold and the Evolution of Bacterial Energy Metabolism
著者: Dickerson, R.E. / Timkovich, R. / Almassy, R.J.
履歴
登録1981年7月20日処理サイト: BNL
置き換え1981年10月2日ID: 251C
改定 1.01981年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C551
A: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3212
ポリマ－8,7051
非ポリマー6161
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.500, 49.270, 49.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C551


分子量: 8704.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P00099
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis / PH range low: 5.7 / PH range high: 5.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140-60 %ammonium sulfate11
21 M11NaCl
30.05 Mammonium phosphate11

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データ収集

反射
*PLUS
Num. obs: 8670

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解析

精密化最高解像度: 1.6 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.195 -
obs-8670
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数610 0 43 67 720
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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