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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zup | ||||||
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タイトル | Updated crystal structure of DsbB-DsbA complex from E. coli | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / disulfide bond (ジスルフィド) / membrane protein (膜タンパク質) / E. coli (大腸菌) / Periplasm (ペリプラズム) / Redox-active center / Cell inner membrane / Cell membrane (細胞膜) / Chaperone / Electron transport (電子伝達系) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / フォールディング / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / electron transfer activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Inaba, K. / Suzuki, M. / Murakami, S. / Nakagawa, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2009 タイトル: Dynamic nature of disulphide bond formation catalysts revealed by crystal structures of DsbB 著者: Inaba, K. / Murakami, S. / Nakagawa, A. / Iida, H. / Kinjo, M. / Ito, K. / Suzuki, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zup.cif.gz | 80.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zup.ent.gz | 59.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/2zup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/2zup | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21122.959 Da / 分子数: 1 / 変異: C33A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: P0AEG4, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20106.982 Da / 分子数: 1 / 変異: C8A,C49V,C130S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: P0A6M2, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; キノンおよび類縁体が電子受容体 |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-UQ1 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.474029 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.530258 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 23% Jeffamine ED2001, 80mM HEPES, 14.4% glycerol, 2mM ZnCl2, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.7→61.2 Å / Num. obs: 10179 / % possible obs: 99.94 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.7→3.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1450 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 開始モデル: 2HI7 解像度: 3.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 47.802 / SU ML: 0.688 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.662 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 205.362 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.7→4.039 Å / Total num. of bins used: 6
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