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- PDB-2zci: Structure of a GTP-dependent bacterial PEP-carboxykinase from Cor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zci
タイトルStructure of a GTP-dependent bacterial PEP-carboxykinase from Corynebacterium glutamicum
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
キーワードSIGNALING PROTEIN / LYASE (リアーゼ) / GTP-dependent / carboxykinase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / 糖新生 / manganese ion binding / GTP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Aich, S. / Prasad, L. / Delbaere, L.T.J.
引用ジャーナル: Int.J.Biochem.Cell Biol. / : 2008
タイトル: Structure of a GTP-dependent bacterial PEP-carboxykinase from Corynebacterium glutamicum.
著者: Aich, S. / Prasad, L. / Delbaere, L.T.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
C: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
D: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,7484
ポリマ-267,7484
非ポリマー00
5,873326
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
C: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8742
ポリマ-133,8742
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-4.9 kcal/mol
Surface area41390 Å2
手法PISA
2
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
D: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8742
ポリマ-133,8742
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-6.5 kcal/mol
Surface area41000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.336, 118.055, 152.931
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP] / E.C.4.1.1.32 / PEP carboxykinase / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK


分子量: 66937.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: gene pckG, pck
由来: (天然) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
参照: UniProt: Q9AEM1, ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium acetate, 10mM MgCl2, 1mM MnCl2, 2mM EDTA, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28 Å / Num. all: 144542 / Num. obs: 144542 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 6867 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1KHF
解像度: 2.3→24.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 8.68 / SU ML: 0.211 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.783 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27884 4256 5 %RANDOM
Rwork0.18769 ---
all0.19226 80542 --
obs0.19226 80542 77.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.721 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18081 0 0 326 18407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02218558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4931.94625266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.14352325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.59524.861864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.134152925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6161592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.22680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.29287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.212112
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3610.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2921.512048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.074218623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2337842
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.584.56643
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 285 -
Rwork0.226 5591 -
obs--72.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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