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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z10 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative acetyltransferase | ||||||
要素 | Ribosomal-protein-alanine acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / alpha/beta protein / Acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Terada, T. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2009 タイトル: Genetic Encoding of 3-Iodo-l-Tyrosine in Escherichia coli for Single-Wavelength Anomalous Dispersion Phasing in Protein Crystallography 著者: Sakamoto, K. / Murayama, K. / Oki, K. / Iraha, F. / Kato-Murayama, M. / Takahashi, M. / Ohtake, K. / Kobayashi, T. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z10.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z10.ent.gz | 39.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z10.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/2z10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/2z10 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22288.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB27 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q72HN8, ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.15M ammonium acetate, 0.1M bis-tris pH5.5, 28% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 28933 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 34.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 90.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→30.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1264710.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.5752 Å2 / ksol: 0.348736 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→30.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.77→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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