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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yv7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the CLIC homolog from drosophila melanogaster | ||||||
要素 | CG10997-PA | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / CLIC / DmCLIC / CHLORIDE ION CHANNEL / GST FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative gravitaxis / response to alcohol / グルタチオンペルオキシダーゼ / glutathione peroxidase activity / chloride transport / chloride channel activity / lipid binding / calcium ion binding / ミトコンドリア / 核質 ...negative gravitaxis / response to alcohol / グルタチオンペルオキシダーゼ / glutathione peroxidase activity / chloride transport / chloride channel activity / lipid binding / calcium ion binding / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Harrop, S.J. / Littler, D.R. / Curmi, P.M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2007 タイトル: Comparison of vertebrate and invertebrate CLIC proteins: The crystal structures of Caenorhabditis elegans EXC-4 and Drosophila melanogaster DmCLIC 著者: Littler, D.R. / Harrop, S.J. / Brown, L.J. / Pankhurst, G.J. / Mynott, A.V. / Luciani, P. / Mandyam, R.A. / Mazzanti, M. / Tanda, S. / Berryman, M.A. / Breit, S.N. / Curmi, P.M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yv7.cif.gz | 62.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yv7.ent.gz | 45.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yv7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30208.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VY78 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-IOD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG 3350, pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月26日 |
放射 | モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→57.07 Å / Num. obs: 29963 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.233 / % possible all: 91.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1K0M 解像度: 1.7→32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.088 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
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