PDB-2yfb: X-ray structure of McpS ligand binding domain in complex with suc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yfb

タイトル

X-ray structure of McpS ligand binding domain in complex with succinate

要素

METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS TRANSDUCER

キーワード

RECEPTOR (受容体) /

CHEMORECEPTOR (化学受容器) /

SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達)

機能・相同性

機能・相同性情報

走化性 / transmembrane signaling receptor activity /

シグナル伝達 /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Pineda-Molina, E. / Krell, T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Evidence for Chemoreceptors with Bimodular Ligand-Binding Regions Harboring Two Signal-Binding Sites.
著者: Pineda-Molina, E. / Reyes-Darias, J. / Lacal, J. / Ramos, J.L. / Garcia-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. / Krell, T.

履歴

登録	2011年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月30日	Group: Other
改定 1.2	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yfb.cif.gz	211.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yfb.ent.gz	170.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yfaSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yfa-d 22660 2bc5-7 3qnj-3 4rxx-d 2i2l-d 3m6j-d 1t39-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS TRANSDUCER

B: METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS TRANSDUCER

ヘテロ分子

57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	226.067, 46.039, 50.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS TRANSDUCER / MCPS 分子量: 28652.125 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 46-283 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ) 株: KT2440 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88E10
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 20% PEG 4000, 0.25 M (NH4)2SO4 AND 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 40558 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.97
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7_650)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YFA

2yfa

解像度: 1.9→19.911 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2717	1755	4.5 %
R_work	0.2041	-	-
obs	0.2071	38883	93.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 65.677 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7791 Å²	0 Å²	0.8033 Å²
2-	-	0.2223 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.0014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3665	0	39	498	4202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3874
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	5250
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.088	1528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	598
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	706

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9514	0.3499	118	0.27	2490	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9514-2.0087	0.3229	127	0.2475	2739	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0087-2.0735	0.2911	143	0.2275	2918	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0735-2.1475	0.2836	139	0.209	2929	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1475-2.2334	0.2865	135	0.2151	2911	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2334-2.3349	0.2955	136	0.2177	2893	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3349-2.4578	0.3053	134	0.2143	2892	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4578-2.6115	0.3016	138	0.2092	2875	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6115-2.8126	0.2903	139	0.2091	2903	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8126-3.0947	0.2742	133	0.198	2859	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0947-3.5403	0.2533	136	0.1972	2869	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5403-4.4522	0.2262	136	0.1641	2861	X-RAY DIFFRACTION	93
4.4522-19.9124	0.2688	141	0.2226	2989	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1585	0.0882	-0.0346	0.3343	0.0152	0.3171	0.287	-0.2439	-0.0163	0.2324	-0.3766	-0.1945	-0.0957	0.1195	-0.0304	0.2388	-0.0892	-0.0343	0.1912	0.0863	0.1639	66.409	0.5178	16.7457
2	0.4104	0.0442	0.2202	0.8127	-0.5287	0.5397	0.1182	-0.2279	0.3161	0.035	-0.2567	0.1077	-0.2241	-0.0415	-0.0925	0.1779	-0.0323	0.0033	0.1312	-0.0257	0.128	43.9817	4.4618	9.6905
3	0.1177	0.0289	0.0333	0.279	0.374	0.3688	0.1614	0.0178	0.0888	-0.1372	-0.0586	0.2661	0.0276	-0.2932	-0.035	0.128	0.0042	-0.0109	0.3229	0.0714	0.3361	15.2291	-5.5187	5.9147
4	1.1783	0.7725	0.2317	0.6792	-0.0081	1.0342	-0.0787	0.2812	0.0017	-0.1584	0.1403	0.2709	0.1957	-0.2128	0.0097	0.1749	-0.009	-0.0045	0.2832	0.0351	0.222	23.1665	-2.1419	-2.2815
5	0.2681	0.4323	-0.1805	1.1411	0.1289	0.5317	0.2105	0.3868	0.1323	0.0134	-0.205	-0.1228	0.0096	-0.0124	0.0127	0.1227	-0.0188	0.0056	0.1337	0.0945	0.1379	49.5633	0.9797	4.3085
6	0.1775	-0.3516	-0.0813	0.3537	0.2273	0.0919	0.2089	0.2342	0.0247	-0.1687	-0.2186	-0.1061	0.0518	0.0913	-0.0082	0.1714	0.049	0.0461	0.1775	0.0672	0.1339	68.6067	-19.6996	10.717
7	1.1	-0.3473	-0.32	0.58	-0.2706	0.2034	-0.0136	0.0038	-0.1728	-0.0166	0.0028	0.131	0.0428	-0.0425	-0.0326	0.1846	-0.0364	-0.0028	0.1521	-0.0082	0.1705	34.3384	-19.3526	16.3905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 43:99)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 100:157)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 158:191)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 192:223)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 224:277)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 40:99)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 100:277)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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