+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y8f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the Ran-binding domain from human RanBP3 (wild type) | ||||||
要素 | RAN-BINDING PROTEIN 3 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / CRM1-MEDIATED NUCLEAR EXPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 R-SMAD binding / 核膜孔 / protein export from nucleus / small GTPase binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Langer, K. / Dian, C. / Rybin, V. / Muller, C.W. / Petosa, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2011 タイトル: Insights Into the Function of the Crm1 Cofactor Ranbp3 from the Structure of its Ran-Binding Domain 著者: Langer, K. / Dian, C. / Rybin, V. / Muller, C.W. / Petosa, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y8f.cif.gz | 203.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2y8f.ent.gz | 164 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/2y8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/2y8f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15547.807 Da / 分子数: 4 / 断片: RAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 320-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOFORM3 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H6Z4 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GAM REMAINING RESIDUES FROM TEV CLEAVAGE SITE | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48 Å / Num. obs: 33296 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 27.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→44.399 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.95 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.181 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.72 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.399 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|