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- PDB-2y5w: Crystal structure of Drosophila melanogaster kinesin-1 motor doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y5w
タイトルCrystal structure of Drosophila melanogaster kinesin-1 motor domain dimer
要素KINESIN HEAVY CHAINキネシン
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / MICROTUBULE ASSOCIATED / ATPASE (ATPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament bundle organization / anterograde axonal transport of mitochondrion / anterograde dendritic transport / ovarian nurse cell to oocyte transport / mitochondrion distribution / larval locomotory behavior / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / eye photoreceptor cell differentiation / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization ...actin filament bundle organization / anterograde axonal transport of mitochondrion / anterograde dendritic transport / ovarian nurse cell to oocyte transport / mitochondrion distribution / larval locomotory behavior / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / eye photoreceptor cell differentiation / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization / oocyte dorsal/ventral axis specification / pole plasm assembly / microtubule sliding / dorsal appendage formation / larval somatic muscle development / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / transport along microtubule / centrosome separation / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / actin cap / microtubule plus-end / plus-end-directed microtubule motor activity / axo-dendritic transport / stress granule disassembly / nuclear migration / dendrite morphogenesis / synaptic vesicle transport / kinesin complex / microtubule motor activity / tropomyosin binding / intracellular distribution of mitochondria / microtubule-based movement / 微小管 / cytoskeletal motor activity / axon cytoplasm / dendrite cytoplasm / 軸索誘導 / 軸索誘導 / microtubule binding / 微小管 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kaan, H.Y.K. / Hackney, D.D. / Kozielski, F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: The Structure of the Kinesin-1 Motor-Tail Complex Reveals the Mechanism of Autoinhibition.
著者: Kaan, H.Y.K. / Hackney, D.D. / Kozielski, F.
履歴
登録2011年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Structure summary
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KINESIN HEAVY CHAIN
B: KINESIN HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6746
ポリマ－81,7712
非ポリマー9034
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-15.9 kcal/mol
Surface area36930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.890, 89.180, 138.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 KINESIN HEAVY CHAIN / キネシン


分子量: 40885.301 Da / 分子数: 2 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESIDUES 1-365 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS / 参照: UniProt: P17210
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.8
詳細: 24 % POLYETHYLENE GLYCOL-3350, 0.15 M AMMONIUM SULFATE, AND 0.1 M HEPES SODIUM PH 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 35890 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 55.874 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.7→2.84 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BG2

1bg2


解像度: 2.7→29.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 12.502 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.664 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28883 1347 5 %RANDOM
Rwork0.20982 ---
obs0.21384 25608 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.19 Å20 Å20 Å2
2---2.72 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5130 0 56 180 5366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225297
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8291.9637184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5315672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.94225.042240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.85715919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3431526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9291.53314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78625355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28231983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9654.51823
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.695→2.764 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 85 -
Rwork0.273 1848 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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