+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y46 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the mixed-function P450 MycG in complex with mycinamicin IV in C 2 2 21 space group | ||||||
要素 | P-450-LIKE PROTEIN | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / MYCINAMICIN BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MICROMONOSPORA GRISEORUBIDA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Li, S. / Kells, P.M. / Sherman, D.H. / Podust, L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Substrate Recognition by the Multifunctional Cytochrome P450 Mycg in Mycinamicin Hydroxylation and Epoxidation Reactions. 著者: Li, S. / Tietz, D.R. / Rutaganira, F.U. / Kells, P.M. / Anzai, Y. / Kato, F. / Pochapsky, T.C. / Sherman, D.H. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y46.cif.gz | 530 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2y46.ent.gz | 434.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y46.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2y46_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2y46_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2y46_validation.xml.gz | 56.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2y46_validation.cif.gz | 81.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y46 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: HEM / End label comp-ID: HEM / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 450 / Label seq-ID: 25
NCS oper:
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 46556.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MICROMONOSPORA GRISEORUBIDA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59523 |
---|
-非ポリマー , 5種, 931分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / pH: 7 詳細: 12% PEG MME 5000, 5% TACSIMATE PH 7.0, 1% BENZAMIDINE HYDROCHLORIDE, TEMP 23 C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月4日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11588 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→147.18 Å / Num. obs: 95693 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.93 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 36.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Y4H 2y4h 解像度: 1.83→220.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.588 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.09 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→220.77 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|