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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y2w | ||||||
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タイトル | Elucidation of the substrate specificity and protein structure of AbfB, a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase from Bifidobacterium longum. | ||||||
要素 | ARABINOFURANOSIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ARABINOXYLAN (アラビノキシラン) / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 51 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BIFIDOBACTERIUM LONGUM (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lagaert, S. / Schoepe, J. / Delcour, J.A. / Lavigne, R. / Strelkov, S.V. / Courtin, C.M. / Mikkelsen, N.E. / Sandgren, M. / Volckaert, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Elucidation of the Substrate Specificity and Protein Structure of Abfb, a Family 51 Alpha-L- Arabinofuranosidase from Bifidobacterium Longum. 著者: Lagaert, S. / Schoepe, J. / Delcour, J.A. / Lavigne, R. / Strelkov, S.V. / Courtin, C.M. / Mikkelsen, N.E. / Sandgren, M. / Volckaert, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y2w.cif.gz | 577.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y2w.ent.gz | 479.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y2w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1pz3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62621.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BIFIDOBACTERIUM LONGUM (バクテリア) 株: SP. LONGUM / Variant: BENEFLORA / プラスミド: PEXP5-CT/TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL 参照: UniProt: Q841V6, UniProt: Q8G554*PLUS, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 詳細: ABFB CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 1 MICROLITER CONCENTRATED PROTEIN SOLUTION WITH 3 MICROLITER CRYSTALLIZATION SOLUTION CONTAINING 0.2 M SODIUM PHOSPHATE MONOBASIC MONOHYDRATE, 20% W/V ...詳細: ABFB CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 1 MICROLITER CONCENTRATED PROTEIN SOLUTION WITH 3 MICROLITER CRYSTALLIZATION SOLUTION CONTAINING 0.2 M SODIUM PHOSPHATE MONOBASIC MONOHYDRATE, 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, USING THE VAPOR-DIFFUSION METHOD WITH HANGING OR SITTING DROPS AT 20-24 C. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07225 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07225 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 109183 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PZ3 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 12.467 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.795 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.259 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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