PDB-2xrq: Crystal structures exploring the origins of the broader specifici...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xrq

タイトル

Crystal structures exploring the origins of the broader specificity of escherichia coli heat-labile enterotoxin compared to cholera toxin

要素

HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

キーワード

TOXIN (毒素) /

HOST-PATHOGEN INTERACTIONS /

MOLECULAR RECOGNITION (分子認識) /

PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTION

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Holmner, A. / Mackenzie, A. / Okvist, M. / Jansson, L. / Lebens, M. / Teneberg, S. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures Exploring the Origins of the Broader Specificity of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin Compared to Cholera Toxin
著者: Holmner, A. / Mackenzie, A. / Okvist, M. / Jansson, L. / Lebens, M. / Teneberg, S. / Krengel, U.

履歴

登録	2010年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2015年4月1日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xrq.cif.gz	241 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xrq.ent.gz	197.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xrq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/2xrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/2xrq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xrsC 1efiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hmy-2 2chb-d 3chb-d 1ct1-d 5lzi-d 6hmy-1 5lzh-d 5lzg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

64 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.009, 96.099, 66.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	D
2	1	E
3	1	F
4	1	G
5	1	H
1	2	D
2	2	E
3	2	F
4	2	G
5	2	H

NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN / LTH-B

分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 22-124 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PORCINE ENTEROTOXIN PLT B-SUBUNIT CONTAINING GM1 PENTASACCHARIDE(GAL-BETA3-GALNAC-BETA4 (NEUAC ALPHA3)-GAL-BETA4 -GLC
由来: (組換発現)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PMLPLTBTAC / 発現宿主:

VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 株 (発現宿主): JS1569 / 参照: UniProt: Q0PRR7, UniProt: P32890*PLUS

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3-4-2/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

MATURE PROTEIN AFTER CLEAVAGE OF SIGNAL PEPTIDE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 17-19% PEG3350, 150-210 MM NASO4, 7% GLYCEROL, 100 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 26414 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 50.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EFI

1efi

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 19.031 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23517	1319	5 %	RANDOM
R_work	0.21173	-	-	-
obs	0.21296	25090	96.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.668 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	-0 Å²	-0.67 Å²
2-	-	-0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4120	0	340	116	4576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	2.052	6165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.947	5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.76	25.429	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.262	15	840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.617	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.228	1.5	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.398	2	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.968	3	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.38	4.5	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	D	782	tight positional	0.04	0.05
1	2	E	782	tight positional	0.04	0.05
1	3	F	782	tight positional	0.04	0.05
1	4	G	782	tight positional	0.04	0.05
1	5	H	782	tight positional	0.04	0.05
1	1	D	42	loose positional	0.05	5
1	2	E	42	loose positional	0.04	5
1	3	F	42	loose positional	0.04	5
1	4	G	42	loose positional	0.05	5
1	5	H	42	loose positional	0.04	5
2	1	D	68	loose positional	0.36	5
2	2	E	68	loose positional	0.3	5
2	3	F	68	loose positional	0.21	5
2	4	G	68	loose positional	0.2	5
2	5	H	68	loose positional	0.35	5
1	1	D	782	tight thermal	0.09	0.5
1	2	E	782	tight thermal	0.1	0.5
1	3	F	782	tight thermal	0.09	0.5
1	4	G	782	tight thermal	0.08	0.5
1	5	H	782	tight thermal	0.09	0.5
1	1	D	42	loose thermal	0.08	10
1	2	E	42	loose thermal	0.09	10
1	3	F	42	loose thermal	0.08	10
1	4	G	42	loose thermal	0.09	10
1	5	H	42	loose thermal	0.07	10
2	1	D	68	loose thermal	1.93	10
2	2	E	68	loose thermal	2.55	10
2	3	F	68	loose thermal	1.38	10
2	4	G	68	loose thermal	1.32	10
2	5	H	68	loose thermal	1.84	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	88	-
R_work	0.37	1873	-
obs	-	-	95.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0338	-1.5343	0.157	4.3966	-0.4626	4.0926	-0.2657	0.3085	1.0318	0.3863	0.0368	-0.6452	-0.7884	-0.0417	0.2289	0.4278	-0.0232	-0.0994	0.1208	0.0915	0.3292	14.2409	19.0156	16.0487
2	4.1566	-1.7463	2.3555	4.5946	-0.4445	3.8542	-0.0449	1.8454	0.3342	-0.2508	-0.5546	-0.7566	-0.3564	0.5255	0.5995	0.1325	-0.0232	0.1414	0.8484	0.1648	0.2303	17.5068	6.2529	-2.5745
3	3.8264	0.1616	1.5774	5.2321	-1.3454	3.6057	0.2847	1.212	-1.1965	-0.0672	-0.1146	-0.6139	0.4433	0.5234	-0.1701	0.1205	0.0965	0.0803	0.5017	-0.3876	0.5324	20.4205	-15.5039	4.1356
4	3.2784	-0.8715	0.4068	2.8868	-0.1643	4.5008	0.0473	-0.3217	-0.93	0.6446	0.0599	-0.2112	0.2549	-0.078	-0.1072	0.3358	-0.0062	-0.0436	0.1204	0.0587	0.4539	18.8667	-16.084	26.9988
5	3.8855	-1.1928	0.2686	4.298	0.0362	3.3777	-0.3787	-0.7781	0.2483	0.8913	0.2307	-0.3595	-0.4187	-0.112	0.148	0.5714	0.0709	-0.1223	0.2434	-0.0302	0.1269	15.3277	5.374	34.3789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1104 - 1108
3	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1104 - 1108
5	X-RAY DIFFRACTION	3	F	1 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	3	F	1104 - 1108
7	X-RAY DIFFRACTION	4	G	1 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	4	G	1104 - 1108
9	X-RAY DIFFRACTION	5	H	1 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	5	H	1104 - 1108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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