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- PDB-2xd0: A processed non-coding RNA regulates a bacterial antiviral system -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xd0
タイトルA processed non-coding RNA regulates a bacterial antiviral system
要素
  • TOXI
  • TOXN
キーワードTOXIN/RNA / TOXIN-RNA COMPLEX / ABORTIVE INFECTION / PHAGE (ファージ)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ToxN/AbiQ toxin / Toxin ToxN, type III toxin-antitoxin system / Thiol Ester Dehydrase; Chain A - #130 / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / Endoribonuclease ToxN
類似検索 - 構成要素
生物種PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM (バクテリア)
Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Blower, T.R. / Pei, X.Y. / Short, F.L. / Fineran, P.C. / Humphreys, D.P. / Luisi, B.F. / Salmond, G.P.C.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2011
タイトル: A processed noncoding RNA regulates an altruistic bacterial antiviral system.
著者: Blower, T.R. / Pei, X.Y. / Short, F.L. / Fineran, P.C. / Humphreys, D.P. / Luisi, B.F. / Salmond, G.P.
履歴
登録2010年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年1月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / database_PDB_caveat / exptl_crystal_grow / pdbx_validate_chiral
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.12020年6月3日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn ...pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TOXN
B: TOXN
E: TOXN
G: TOXI
H: TOXI
I: TOXI
U: TOXI
V: TOXI
W: TOXI
X: TOXN
Y: TOXN
Z: TOXN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,81412
ポリマ－187,81412
非ポリマー00
水3,081171
1
V: TOXI
Y: TOXN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3022
ポリマ－31,3022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
2
A: TOXN
G: TOXI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3022
ポリマ－31,3022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-15.5 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
3
B: TOXN
H: TOXI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3022
ポリマ－31,3022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-14.3 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
4
E: TOXN
I: TOXI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3022
ポリマ－31,3022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-13.5 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
5
W: TOXI
Z: TOXN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3022
ポリマ－31,3022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-11.4 kcal/mol
Surface area14280 Å2
手法PISA
6
U: TOXI
X: TOXN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3022
ポリマ－31,3022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.139, 119.125, 377.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 1:161 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 1:161 )
311CHAIN E AND (RESSEQ 1:161 )
411CHAIN X AND (RESSEQ 1:161 )
511CHAIN Y AND (RESSEQ 1:161 )
611CHAIN Z AND (RESSEQ 1:161 )

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9601, -0.2303, 0.1589), (0.012, -0.5335, -0.8457), (0.2795, 0.8139, -0.5094)-12.68, 68.44, 125.1
2given(-0.9998, -0.02033, 0.005701), (-0.02024, 0.9997, 0.01558), (-0.006016, 0.01547, -0.9999)-7.294, -0.9661, 95.32
3given(0.9863, 0.05864, 0.154), (-0.104, -0.5039, 0.8575), (0.1279, -0.8618, -0.4909)-11.8, -71.59, 121.3
4given(-0.9514, -0.267, -0.1538), (0.01844, -0.5475, 0.8366), (-0.3076, 0.793, 0.5258)-2.597, -11.56, 74.46
5given(-0.9976, -0.05132, -0.04573), (0.06498, -0.4871, -0.8709), (0.02242, -0.8718, 0.4893)-6.181, 11.97, 73.19

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要素

#1: タンパク質
TOXN


分子量: 19726.537 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM (バクテリア)
株: SCRI 1039 / 解説: ENVIRONMENTAL ISOLATE FROM SCOTLAND, U.K / プラスミド: PTYB1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: B8X8Z0, EC: 3.1.27.3
#2: RNA鎖
TOXI /


分子量: 11575.790 Da / 分子数: 6 / Fragment: BACTERIA ANTITOX, RESIDUES 1775-1810 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
参照: GenBank: FJ176937
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RNA DERIVED FROM 252 NUCLEOTIDE TOXI NON-CODING RNA OF PECA1039 PLASMID. RNA BOUND CORRESPONDS TO ...RNA DERIVED FROM 252 NUCLEOTIDE TOXI NON-CODING RNA OF PECA1039 PLASMID. RNA BOUND CORRESPONDS TO NUCLEOTIDES 1775-1810 (WHICH IS 70-104 OF TOXI TRANSCRIPT) AND WHICH HAS UNDERGONE 3' HYDROLYSIS.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.6M NACL, 0.1M MES PH6.5, 20% W/V PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月19日 / 詳細: SINGLE SILICON (111) MONOCHROMATOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. obs: 35628 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 50.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル最高解像度: 3 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 66.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6_289)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SEM MODEL OF TOXIN COMPLEX FROM SAME STUDY

解像度: 3→35 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1734 4.9 %
Rwork0.214 --
obs0.216 35161 89.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.21 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1438 Å2-0 Å2-0 Å2
2---12.8967 Å20 Å2
3----15.0855 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7896 4584 0 171 12651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64218846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3215670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0822220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091608
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1307X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1307X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
13E1307X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
14X1307X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
15Y1307X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
16Z1307X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.08840.3519930.31641921X-RAY DIFFRACTION63
3.0884-3.1880.3562950.30112099X-RAY DIFFRACTION68
3.188-3.30190.32461210.26992247X-RAY DIFFRACTION73
3.3019-3.4340.2891360.24752293X-RAY DIFFRACTION75
3.434-3.59010.25821450.24092720X-RAY DIFFRACTION88
3.5901-3.77920.25681480.21923075X-RAY DIFFRACTION99
3.7792-4.01570.25261630.20023066X-RAY DIFFRACTION100
4.0157-4.32520.23661660.18383125X-RAY DIFFRACTION100
4.3252-4.75950.20771500.17093146X-RAY DIFFRACTION100
4.7595-5.4460.22551560.1743168X-RAY DIFFRACTION100
5.446-6.85290.2371770.19353186X-RAY DIFFRACTION100
6.8529-35.00130.22781840.19713381X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8930.6979-0.27662.3555-0.55311.14990.14760.2985-0.01440.0089-0.00610.2416-0.0005-0.1511-0.09290.00480.0640.03070.20080.02030.2223-13.0107-2.0302111.7796
20.1704-1.3298-0.043.30350.07162.0203-0.1173-0.245-0.1454-0.07750.0414-0.1283-0.0389-0.21120.08620.0444-0.00390.05190.23290.00240.2694-4.88426.858566.3007
32.21480.471.27371.4068-0.4751.9006-0.1264-0.30350.2673-0.41360.1115-0.0140.0819-0.11310.05580.13720.01160.03810.0748-0.03660.1469-9.639-26.910664.1372
4-0.55910.4663-0.92111.98243.48737.3997-0.18550.0487-0.1296-0.0128-0.16390.0546-0.0506-0.98140.3860.2250.2145-0.06480.5106-0.12850.3299-5.4226-20.336190.1717
5-0.45280.6295-0.682.6973-2.8655.1311-0.1540.1089-0.0135-0.07060.1967-0.0194-0.1857-0.0782-0.02240.22740.02330.0010.53280.09210.2819-3.336416.644793.834
6-0.29190.6403-0.77526.15981.02332.0902-0.28010.0407-0.2211-0.25440.0596-0.31180.63190.11940.28240.3615-0.08420.12530.1905-0.03240.6154-0.95390.601960.7071
71.148-0.3931-0.33840.76820.61251.58350.51540.0537-0.0383-0.448-0.0281-0.09140.1170.0154-0.36791.31670.1716-0.26590.6013-0.12180.36425.6282-0.6913-16.5074
82.55880.8483-0.49652.613-0.86013.87970.00210.24410.0306-0.28070.02010.0326-0.9224-0.1584-0.08110.7556-0.03710.12660.5061-0.08010.336-1.40627.133429.2068
92.75181.1060.46355.9433-3.82476.95370.1815-0.04140.3488-1.26120.48540.82762.46450.6445-0.451.0485-0.1923-0.31750.48780.09890.36136.7897-26.48831.3791
10-0.6176-0.0147-0.07793.0265-0.76221.5020.5107-0.25820.2261-1.8123-0.134-0.3051-0.59291.110.44591.4607-0.6252-0.86991.15940.45590.2779-0.8549-20.36936.0559
110.3772-0.4409-0.43151.66841.41111.98490.3941-0.34570.0803-0.5932-0.1722-0.051-1.0752-0.6181-0.16681.33440.0428-0.07550.9012-0.13390.4566-3.78617.56721.7458
122.6945-1.5111-0.17382.0113-2.14553.6178-0.4073-0.045-0.5056-0.44290.0669-0.13220.4804-0.27450.22530.6293-0.10750.16050.3871-0.14350.5008-3.6460.790834.7538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN E
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN G
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN H
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN I
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN X
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN Y
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN Z
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN U
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN V
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN W

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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