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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x61 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the sialyltransferase CST-II in complex with trisaccharide acceptor and CMP | |||||||||
要素 | ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GTA / GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | CAMPYLOBACTER JEJUNI (カンピロバクター) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee, H.J. / Lairson, L.L. / Rich, J.R. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural and Kinetic Analysis of Substrate Binding to the Sialyltransferase Cst-II from Campylobacter Jejuni. 著者: Lee, H.J. / Lairson, L.L. / Rich, J.R. / Lameignere, E. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x61.cif.gz | 223.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2x61.ent.gz | 179.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x61 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 30403.531 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-258 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CAMPYLOBACTER JEJUNI (カンピロバクター) 株: OH4384 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LAK3, EC: 2.4.99.- #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 271分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 53 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 222 TO GLY ...ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 100 MM HEPES5, PH 7.5, 8% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000, AND 5% (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 46782 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 38.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RO8 解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.39 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.496 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
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拘束条件 |
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