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- PDB-2wts: Crystal structure of sortase C-1 (SrtC-1) mutant H131D from S. pn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wts
タイトルCrystal structure of sortase C-1 (SrtC-1) mutant H131D from S. pneumoniae
要素PUTATIVE SORTASEソルターゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PILI / PATHOGENICITY (病原体)
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / hydrolase activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Sortase C / Sortase; Chain: A; / ソルターゼ / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アラニン / Putative sortase / Putative sortase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Manzano, C. / Izore, T. / Job, V. / DiGuilmi, A.M. / Dessen, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Sortase Activity is Controlled by a Flexible Lid in the Pilus Biogenesis Mechanism of Gram-Positive Pathogens.
著者: Manzano, C. / Izore, T. / Job, V. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE SORTASE
B: PUTATIVE SORTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9456
ポリマ－47,5802
非ポリマー3654
水12,484693
1
A: PUTATIVE SORTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9713
ポリマ－23,7901
非ポリマー1812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE SORTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9743
ポリマ－23,7901
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.348, 70.523, 87.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE SORTASE / ソルターゼ / SORTASE C-1


分子量: 23789.891 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 17-228 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: PLIM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q97SB9, UniProt: A0A0H2UNQ9*PLUS, EC: 2.3.2.12
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 131 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 131 TO ASP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K
詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 200 MM MGCL2 HEXAHYDRATE, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000 AT 20C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98088
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 99255 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.3→3.89 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.19 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W1J

2w1j


解像度: 1.3→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.744 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19533 5137 5 %RANDOM
Rwork0.15776 ---
obs0.15962 98430 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.989 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3083 0 23 693 3799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.9764670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1635468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.27425.57158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15615618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0711514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1881.52157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75423435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.46631392
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5044.51199
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.40233549
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.5363693
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.38533303
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 374 -
Rwork0.245 7044 -
obs--98.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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