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- PDB-2w6n: Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w6n
タイトルCrystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series
要素BIOTIN CARBOXYLASE
キーワードLIGASE (リガーゼ) / ATP-BINDING / FATTY ACID BIOSYNTHESIS (脂肪酸の合成) / NUCLEOTIDE-BINDING / LIPID SYNTHESIS (脂質代謝) / ATP-GRASP DOMAIN / FRAGMENT SCREENING
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding ...biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Rossmann fold - #20 / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. ...Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Rossmann fold - #20 / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OA2 / Biotin carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Mochalkin, I. / Miller, J.R.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Discovery of Antibacterial Biotin Carboxylase Inhibitors by Virtual Screening and Fragment-Based Approaches.
著者: Mochalkin, I. / Miller, J.R. / Narasimhan, L.S. / Thanabal, V. / Erdman, P. / Cox, P. / Prasad, J.V. / Lightle, S. / Huband, M. / Stover, K.
履歴
登録2008年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIOTIN CARBOXYLASE
B: BIOTIN CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4596
ポリマ－98,7732
非ポリマー6864
水19,1141061
1
A: BIOTIN CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7293
ポリマ－49,3871
非ポリマー3432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BIOTIN CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7293
ポリマ－49,3871
非ポリマー3432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.140, 105.937, 122.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BIOTIN CARBOXYLASE / / ACETYL-COA CARBOXYLASE SUBUNIT A / ACC


分子量: 49386.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P24182, biotin carboxylase, アセチルCoAカルボキシラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-OA2 / 2-AMINO-N,N-BIS(PHENYLMETHYL)-1,3-OXAZOLE-5-CARBOXAMIDE / N,N-ジベンジル-2-アミノオキサゾ-ル-5-カルボアミド


分子量: 307.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17N3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細2-AMINO-OXAZOLE-5-CARBOXYLIC ACID DIBENZYLAMIDE (LIG): LEAD COMPOUND FROM FRAGMENT HIT 2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ASCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→20 Å / Num. obs: 86865 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 39.97
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 5.33 / % possible all: 68.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J9G

2j9g


解像度: 1.87→80.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.868 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 4303 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 81799 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→80.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6850 0 48 1061 7959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.9729480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.777315148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2635888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.91523.631314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93151222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3441558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.26612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.23407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.24066
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1120.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.751.55746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82527068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.55432988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3234.52412
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.92 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.427 225
Rwork0.367 4037

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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