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万見
- PDB-2vtw: Structure of the C-terminal head domain of the fowl adenovirus ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vtw
タイトルStructure of the C-terminal head domain of the fowl adenovirus type 1 short fibre
要素FIBER PROTEIN 2繊維
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / CELO / ADENOVIRUS (アデノウイルス) / FIBER PROTEIN (繊維状タンパク質) / SHORT FIBRE HEAD
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / カプシド / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Fiber protein 1, C-terminal domain / Fiber protein 1, C-terminal / Fiber protein, C-terminal domain superfamily / C-terminal head domain of the fowl adenovirus type 1 long fibre / Avian adenovirus fibre, N-terminal / Avian adenovirus fibre, N-terminal / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種FOWL ADENOVIRUS 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者ElBakkouri, M. / Seiradake, E. / Cusack, S. / Ruigrok, R.W.H. / Schoehn, G.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2008
タイトル: Structure of the C-Terminal Head Domain of the Fowl Adenovirus Type 1 Short Fibre.
著者: El Bakkouri, M. / Seiradake, E. / Cusack, S. / Ruigrok, R.W.H. / Schoehn, G.
履歴
登録2008年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBER PROTEIN 2
B: FIBER PROTEIN 2
C: FIBER PROTEIN 2
D: FIBER PROTEIN 2
E: FIBER PROTEIN 2
F: FIBER PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,30818
ポリマ－131,1636
非ポリマー1,14512
水21,2041177
1
A: FIBER PROTEIN 2
E: FIBER PROTEIN 2
F: FIBER PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1549
ポリマ－65,5813
非ポリマー5726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-102.16 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
2
B: FIBER PROTEIN 2
C: FIBER PROTEIN 2
D: FIBER PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1549
ポリマ－65,5813
非ポリマー5726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-102.53 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.750, 235.750, 61.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2099-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 206 - 410 / Label seq-ID: 1 - 205

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

-
要素

#1: タンパク質
FIBER PROTEIN 2 / 繊維


分子量: 21860.486 Da / 分子数: 6 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN RESIDUES 206-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) FOWL ADENOVIRUS 1 (ウイルス) / 株: CELO / PHELPS / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q64762
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M LITHIUM SULPHATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE AT PH 5.6 AND 12% W/V POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.6 Å / Num. obs: 117179 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 8.99
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.61 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.453 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 5865 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 111098 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9216 0 62 1177 10455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0229530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.9513088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.951314880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.78351235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02724.225374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.241151338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6581542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.26395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.24645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24862
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.090.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2190.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0641.57877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1851.52454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.278210130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.87133842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.794.52952
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1516 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.350.5
2Bmedium positional0.290.5
3Cmedium positional0.310.5
4Dmedium positional0.30.5
5Emedium positional0.280.5
6Fmedium positional0.280.5
1Amedium thermal2.652
2Bmedium thermal2.12
3Cmedium thermal3.192
4Dmedium thermal1.422
5Emedium thermal2.272
6Fmedium thermal1.862
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 402 -
Rwork0.228 7938 -
obs--97.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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