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- PDB-2vt4: TURKEY BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR WITH STABILISING MUTATIONS AND B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vt4
タイトルTURKEY BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR WITH STABILISING MUTATIONS AND BOUND CYANOPINDOLOL
要素BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
キーワードRECEPTOR (受容体) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / MEMBRANE (生体膜) / PALMITATE (パルミチン酸) / TRANSDUCER (トランスデューサー) / ANTAGONIST BOUND FORM / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR (Gタンパク質共役受容体) / G PROTEIN COUPLED RECEPTOR (Gタンパク質共役受容体) / THERMOSTABILISING POINT MUTATIONS / PHOSPHOPROTEIN / SEVEN-HELIX RECEPTOR / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / 7TM RECEPTOR (Gタンパク質共役受容体) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart contraction / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of GTPase activity / エンドソーム / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デカン / Chem-P32 / Beta-1 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Warne, A. / Serrano-Vega, M.J. / Baker, J.G. / Moukhametzianov, R. / Edwards, P.C. / Henderson, R. / Leslie, A.G.W. / Tate, C.G. / Schertler, G.F.X.
引用
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Conformational Thermostabilisation of the Beta1-Adrenergic Receptor in a Detergent Resistant Form
著者: Serrano-Vega, M.J. / Magnani, F. / Shibata, Y. / Tate, C.G.
履歴
登録2008年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
B: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
C: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
D: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,23826
ポリマ－143,0104
非ポリマー5,22722
水55831
1
A: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
B: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,11913
ポリマ－71,5052
非ポリマー2,61411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-26.9 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PQS
2
C: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
D: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,11913
ポリマ－71,5052
非ポリマー2,61411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-38.2 kcal/mol
Surface area32900 Å2
手法PQS
3
A: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1317
ポリマ－35,7531
非ポリマー1,3786
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9886
ポリマ－35,7531
非ポリマー1,2365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1317
ポリマ－35,7531
非ポリマー1,3786
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9886
ポリマ－35,7531
非ポリマー1,2365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.500, 86.800, 95.500
Angle α, β, γ (deg.)67.60, 73.30, 85.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCD

#1: タンパク質
BETA1 ADRENERGIC RECEPTOR / BETA-1 ADRENOCEPTOR / BETA-1 ADRENORECEPTOR / BETA-T


分子量: 35752.598 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 33-243,272-276,279-367 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PBACPAK8 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P07700
#4: 糖
ChemComp-SOG / octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 2-HYDROXYMETHYL-6-OCTYLSULFANYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / 1-S-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOSIDE / octyl 1-thio-beta-D-glucoside / octyl 1-thio-D-glucoside / octyl 1-thio-glucoside / オクチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド / N-Octyl beta-D-thioglucopyranoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 308.434 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O5S / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 4種, 41分子

#2: 化合物
ChemComp-P32 / 4-{[(2S)-3-(tert-butylamino)-2-hydroxypropyl]oxy}-3H-indole-2-carbonitrile


分子量: 287.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O2
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 90 TO VAL ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 90 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 116 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 227 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 282 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 327 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 338 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 358 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 90 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 116 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 227 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 282 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 327 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 338 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 358 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, MET 90 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 116 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 227 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 282 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, PHE 327 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, PHE 338 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 358 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, MET 90 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 116 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 227 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ALA 282 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, PHE 327 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, PHE 338 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 358 TO ALA
配列の詳細RESIDUES 3-32 AT THE N-TERMINUS AND RESIDUES 244-271 AND 277-278 OF THE THIRD INTRCELLULAR LOOP ...RESIDUES 3-32 AT THE N-TERMINUS AND RESIDUES 244-271 AND 277-278 OF THE THIRD INTRCELLULAR LOOP WERE DELETED FROM THE CONSTRUCT. THE CONSTRUCT WAS TRUNCATED AFTER RESIDUE 367 AND A HEXAHIS TAG ADDED. THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE THERMOSTABILITY R68S,M90V,Y227A,A282L,F327A,F338M THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE EXPRESSION AND HELP CRYSTALLISATION C116L, C358A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
解説: THE LYSOZYME COMPONENT OF 2RH1 WAS REMOVED FOR THE MOLECULAR REPLACEMENT
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1
詳細: VAPOUR DIFFUSION. EQUAL VOLUMES OF PROTEIN (6MG/ML) IN 10MM TRIS-HCL PH7.7, 50MM NACL, 0.1MM EDTA, 0.35% OCTYLTHIOGLUCOSIDE, 0.5MM CYANOPINDOLOL AND RESERVOIR 0.1M ADA, PH 6.9-7.3, 29-32% PEG600.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.4 Å / Num. obs: 41499 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 39.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.PHASER)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RH1

2rh1


解像度: 2.7→45.1 Å / SU ML: 0.44 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: STRICT NCS, SIGMA 0.025, APPLIED TO CHAINS A AND D AND TO CHAINS B AND C, EXCLUDING DETERGENTS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 2047 4.9 %
Rwork0.212 --
obs0.215 41499 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.82 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8747 Å20.4951 Å20.4051 Å2
2--8.7893 Å2-2.3976 Å2
3----3.9146 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8607 0 338 31 8976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27212460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.7613384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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