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- PDB-2vkx: Human NCAM, FN3 domains 1 and 2, M610R mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vkx
タイトルHuman NCAM, FN3 domains 1 and 2, M610R mutant
要素NEURAL CELL ADHESION MOLECULENCAM
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / ADHESION RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / ECM proteoglycans / 上皮間葉転換 / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade ...regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / ECM proteoglycans / 上皮間葉転換 / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / collagen-containing extracellular matrix / 細胞接着 / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / 細胞膜 / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Carafoli, F. / Saffell, J.L. / Hohenester, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the Tandem Fibronectin Type 3 Domains of Neural Cell Adhesion Molecule
著者: Carafoli, F. / Saffell, J.L. / Hohenester, E.
履歴
登録2008年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
B: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
C: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
D: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
E: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
F: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,82317
ポリマ－138,7676
非ポリマー1,05711
水55831
1
A: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
B: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4484
ポリマ－46,2562
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-9.9 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PQS
2
C: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
D: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5445
ポリマ－46,2562
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-16.7 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PQS
3
E: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
F: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8328
ポリマ－46,2562
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-8.5 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.419, 107.573, 161.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.54446, 0.54095, -0.64104), (0.54423, -0.35371, -0.76072), (-0.63826, -0.76306, -0.10182)35.9921, 86.42128, 98.64619
2given(0.20885, 0.81779, 0.53629), (-0.38988, -0.43329, 0.81256), (0.89687, -0.37879, 0.22835)-50.07765, 22.99, 40.46176
3given(-0.03922, -0.57884, -0.81449), (-0.55368, -0.66596, 0.49994), (-0.83181, 0.47058, -0.29437)81.79694, 51.2503, 60.17155
4given(0.21969, -0.47301, 0.85323), (0.76445, -0.4599, -0.45179), (0.6061, 0.7515, 0.26055)-12.58587, 70.74368, -2.45363
5given(-0.92515, -0.36364, 0.10891), (-0.37226, 0.92527, -0.07282), (-0.07429, -0.10791, -0.99138)39.7716, 12.85621, 108.87283

-
要素

#1: タンパク質
NEURAL CELL ADHESION MOLECULE / NCAM / N-CAM 140 / NCAM-140 / CD56 ANTIGEN


分子量: 23127.775 Da / 分子数: 6 / 断片: FN3 DOMAINS, RESIDUES 496-598,601-692 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P13591
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 611 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 611 TO ARG ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 611 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 611 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, MET 611 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, MET 611 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, MET 611 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, MET 611 TO ARG
配列の詳細N-TERMINAL APLA AND C-TERMINAL AAAHHHHHH ARE VECTOR- DERIVED. QG (POSITIONS 599-600) OF P13591 ...N-TERMINAL APLA AND C-TERMINAL AAAHHHHHH ARE VECTOR- DERIVED. QG (POSITIONS 599-600) OF P13591 REPLACED BY R ( NATURAL MUSCLE- AND BRAIN-SPECIFIC SPLICE VARIANT). M610 REPLACED BY R (DESIGNED MUTATION).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.12
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 44403 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NCAM FN3 DOMAIN PAIR, WILD-TYPE

解像度: 2.7→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2676 2227 5 %RANDOM
Rwork0.2233 ---
obs0.2233 44347 98.9 %-
溶媒の処理Bsol: 37.8006 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.854 Å20 Å20 Å2
2---7.932 Å20 Å2
3---12.785 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9264 0 55 31 9350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.092.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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