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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vc8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the LSm domain of human EDC3 (enhancer of decapping 3) | ||||||
要素 | ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / P-BODY COMPONENT / ENHANCER OF MRNA DECAPPING / RNA (リボ核酸) / CYTOPLASM (細胞質) / SM-LIKE PROTEIN / PROTEIN-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / P-body assembly / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.31 Å | ||||||
データ登録者 | Tritschler, F. / Hartmann, M.D. / Weichenrieder, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2007 タイトル: A Divergent Sm Fold in Edc3 Proteins Mediates Dcp1 Binding and P-Body Targeting. 著者: Tritschler, F. / Eulalio, A. / Truffault, V. / Hartmann, M.D. / Helms, S. / Schmidt, S. / Coles, M. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vc8.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vc8.ent.gz | 30.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vc8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/2vc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/2vc8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8988.077 Da / 分子数: 1 / 断片: LSM DOMAIN, RESIDUES 1-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) ROSETTA II / 参照: UniProt: Q96F86 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CORRESPONDS TO RESIDUES 1-82 OF HUMAN EDC3 PLUS TWO N-TERMINAL RESIDUES ...THE CRYSTALLIZ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.1 詳細: 40 MM NA-PROPIONATE, 20 MM NA-CACODYLATE, 40 MM BIS-TRIS-PROPANE, PH=4.1, 32% PEG1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月9日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.31→18.7 Å / Num. obs: 15783 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.31→1.33 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.31→18.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.467 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.31→18.65 Å
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拘束条件 |
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