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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v05 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CHOLINE BINDING PROTEIN F FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE. CRYSTAL FORM II. | ||||||
要素 | CHOLINE BINDING PROTEIN F | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / CBPF / CHOLINE-BINDING-PROTEIN / LIPID-BINDING-PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 left handed beta-beta-3-solenoid - #20 / Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / リボン / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å | ||||||
データ登録者 | Hermoso, J. / Molina, R. / Kahn, R. / Stelter, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Choline Binding Protein F from Streptococcus Pneumoniae 著者: Hermoso, J. / Molina, R. / Gonzalez, A. / Stelter, M. / Garcia, P. / Kahn, R. / Martinez-Ripoll, M. / Garcia, J.L. / Menendez, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v05.cif.gz | 82.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v05.ent.gz | 66.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v05.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/2v05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/2v05 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36322.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 株: R6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DR52 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CHT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月6日 / 詳細: DOUBLE-MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→21.07 Å / Num. obs: 50379 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.67→76.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.766 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES FROM 147 TO 150 AND FROM 169 TO 177, ARE DISORDERED. THEY DO NOT APPEAR IN THE MODEL DISORDERED REGIONS FROM RESIDUES 147 TO 150 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES FROM 147 TO 150 AND FROM 169 TO 177, ARE DISORDERED. THEY DO NOT APPEAR IN THE MODEL DISORDERED REGIONS FROM RESIDUES 147 TO 150 AND FROM 169 TO 177. THEY DO NOT APPEAR IN THE MODEL.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→76.7 Å
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拘束条件 |
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