PDB-2uvq: Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 1 in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uvq

タイトル

Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 1 in complex with ADP

要素

URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / UCK /

KINASE (キナーゼ) / ATP-BINDING / NUCLEOSIDE KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine/cytidine kinase / CTP salvage /

uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage /

リン酸化 /

ATP binding /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kosinska, U. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Uridine-Cytidine Kinase 1
著者: Kosinska, U. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. ...

履歴

登録	2007年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uvq.cif.gz	58.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uvq.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/2uvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/2uvq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jeoC 1xrjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2jeo-1 6n55-1 1xrj-1 6pwz-1 6n55-2 6or3-2 6eaz-d 6zov-d 3fo9-d 6qlw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

ヘテロ分子

28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

ヘテロ分子

A: URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

ヘテロ分子

A: URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

ヘテロ分子

A: URIDINE-CYTIDINE KINASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.919, 67.919, 236.607
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	URIDINE-CYTIDINE KINASE 1 / UCK 1 / URIDINE MONOPHOSPHOKINASE 1 / CYTIDINE MONOPHOSPHOKINASE 1 分子量: 28244.295 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HA47, uridine/cytidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	詳細: 0.8-1.0 M SUCCINIC ACID PH 6.7-7.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→29.4 Å / Num. obs: 12509 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XRJ

1xrj

解像度: 3→29.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 35.166 / SU ML: 0.308 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	330	4.7 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.197	6704	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→29.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1692	0	27	15	1734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.284	1.984	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.851	3	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.285	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.657	23.81	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.87	15	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.954	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	979
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.092	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.132	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.192	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.707	2	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.891	3	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.266	4	807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.892	5	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.271	23
R_work	0.253	482

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7399	-0.2172	-1.3599	1.194	0.26	2.7742	-0.0156	-0.1307	0.1707	0.146	-0.1859	-0.1685	-0.3728	0.4538	0.2016	0.0954	-0.003	-0.0761	0.6428	0.0281	0.4312	4.376	-24.143	-20.215
2	5.1977	3.0335	-6.2564	7.6972	1.0981	12.7248	-0.0795	-0.4091	0.907	-0.8453	0.4625	-0.0761	-1.6227	1.1451	-0.383	0.1602	-0.1256	-0.0759	0.8094	0.0147	0.6028	12.278	-19.683	-18.06
3	3.373	0.7911	1.0093	2.4058	0.4461	10.3708	-0.1921	-0.4768	-0.1632	-0.1318	0.2213	-0.0932	0.2841	0.3294	-0.0292	-0.0425	0.0506	-0.0061	0.412	0.0291	0.3729	-4.472	-28.576	-23.897
4	7.5349	-1.5124	-1.6129	5.1491	-1.058	1.0256	-0.2772	-0.0154	1.2615	0.8814	0.4317	-1.9478	-1.25	1.2334	-0.1546	0.6018	-0.2272	-0.2499	0.873	0.1899	0.8624	1.174	-13.578	-38.175
5	5.0239	-0.5873	-3.2006	1.723	2.0382	9.2597	0.1296	-0.3099	0.1491	0.0722	-0.1749	0.0472	0.2981	-0.1158	0.0453	-0.0291	-0.011	-0.054	0.4426	-0.0221	0.3133	-11.281	-27.369	-19.383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	109 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	133 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	169 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	194 - 235

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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