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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uv7 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a CBS domain pair from the regulatory gamma1 subunit of human AMPK in complex with AMP | ||||||
要素 | 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CBS DOMAIN (CBSドメイン) / LIPID SYNTHESIS (脂質代謝) / FATTY ACID BIOSYNTHESIS (脂肪酸の合成) / AMPK GAMMA1 SUBUNIT CBS 3 PLUS 4 AMP REGULATORY SUBUNIT. R TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / protein kinase regulator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / nucleotide-activated protein kinase complex / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / オートファジー ...Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / protein kinase regulator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / nucleotide-activated protein kinase complex / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / オートファジー / AMP binding / cellular response to nutrient levels / positive regulation of protein kinase activity / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / ADP binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / fatty acid biosynthetic process / 精子形成 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein kinase activity / protein phosphorylation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Day, P. / Sharff, A. / Parra, L. / Cleasby, A. / Williams, M. / Horer, S. / Nar, H. / Redemann, N. / Tickle, I. / Yon, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007 タイトル: Structure of a Cbs-Domain Pair from the Regulatory Gamma1 Subunit of Human Ampk in Complex with AMP and Zmp. 著者: Day, P. / Sharff, A. / Parra, L. / Cleasby, A. / Williams, M. / Horer, S. / Nar, H. / Redemann, N. / Tickle, I. / Yon, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2uv7.cif.gz | 43.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2uv7.ent.gz | 33.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2uv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/2uv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/2uv7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17178.732 Da / 分子数: 1 / 断片: CBS 3 AND 4 FRAGMENT, RESIDUES 182-325 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54619 |
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#2: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.38 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.54178 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48.8 Å / Num. obs: 9530 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.61 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 2→34.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.411 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→34.94 Å
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拘束条件 |
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