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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2seb | ||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR4 COMPLEXED WITH A PEPTIDE FROM HUMAN COLLAGEN II | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (MHC CLASS II/SUPERANTIGEN) / COMPLEX (MHC CLASS II-SUPERANTIGEN) / COMPLEX (MHC CLASS II-SUPERANTIGEN) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / Collagen chain trimerization / proteoglycan metabolic process / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / platelet-derived growth factor binding / regulation of interleukin-4 production ...collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / Collagen chain trimerization / proteoglycan metabolic process / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / platelet-derived growth factor binding / regulation of interleukin-4 production / Extracellular matrix organization / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / notochord development / regulation of interleukin-10 production / limb bud formation / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / tissue homeostasis / MHC class II receptor activity / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / Signaling by PDGF / cellular response to BMP stimulus / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / endochondral ossification / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / CD4 receptor binding / NCAM1 interactions / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / collagen fibril organization / cartilage development / 中間径フィラメント / proteoglycan binding / transport vesicle membrane / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / MET activates PTK2 signaling / inner ear morphogenesis / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / cartilage condensation / roof of mouth development / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / 液性免疫 / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Collagen degradation / Generation of second messenger molecules / Non-integrin membrane-ECM interactions / 免疫シナプス / 基底膜 / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PD-1 signaling / ECM proteoglycans / epidermis development / Integrin cell surface interactions / chondrocyte differentiation / heart morphogenesis / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / 視覚 / detection of bacterium / T cell receptor binding / trans-Golgi network membrane / central nervous system development / skeletal system development / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / sensory perception of sound / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / 認識 / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / endocytic vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / toxin activity / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / 遺伝子発現の調節 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Dessen, A. / Lawrence, C.M. / Cupo, S. / Zaller, D.M. / Wiley, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 1997 タイトル: X-ray crystal structure of HLA-DR4 (DRA*0101, DRB1*0401) complexed with a peptide from human collagen II. 著者: Dessen, A. / Lawrence, C.M. / Cupo, S. / Zaller, D.M. / Wiley, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2seb.cif.gz | 131.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2seb.ent.gz | 103.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2seb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/2seb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/2seb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1sebS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21084.826 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Drosophila / 細胞内の位置 (発現宿主): S2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: P01903 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22520.021 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Drosophila / 細胞内の位置 (発現宿主): S2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: P13760, UniProt: P01911*PLUS |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 4種, 65分子 DE
#3: タンパク質 | 分子量: 28411.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P01552 |
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#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1125.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02458 |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: FURTHER REFINEMENT PERFORMED USING PDB ENTRY 1SE2 | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 0.1 M NA ACETATE PH 4.6 9 - 14% PEG 4000 0.2 M AMMONIUM ACETATE | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 27635 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.218 / % possible all: 83.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 178959 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SEB 解像度: 2.5→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |