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- PDB-2ror: Solution structure of the VAV1 SH2 domain complexed with a tyrosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ror
タイトルSolution structure of the VAV1 SH2 domain complexed with a tyrosine-phosphorylated peptide from SLP76
要素
  • 15-meric peptide from Lymphocyte cytosolic protein 2
  • Proto-oncogene vav
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2 domain (SH2ドメイン) / protein-peptide complex / phosphorylated peptide recognition / phosphotyrosine binding domain / signal transduction (シグナル伝達) / Guanine-nucleotide releasing factor / Metal-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene (がん遺伝子) / SH3 domain (SH3ドメイン) / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


TCR signalosome / mast cell activation / phosphorylation-dependent protein binding / Azathioprine ADME / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of cell size / regulation of GTPase activity / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity ...TCR signalosome / mast cell activation / phosphorylation-dependent protein binding / Azathioprine ADME / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of cell size / regulation of GTPase activity / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Fc-epsilon receptor signaling pathway / plasma membrane raft / Generation of second messenger molecules / RHOG GTPase cycle / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / positive regulation of protein kinase activity / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Erythropoietin activates RAS / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / T cell costimulation / reactive oxygen species metabolic process / phosphotyrosine residue binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 好中球 / VEGFR2 mediated vascular permeability / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / integrin-mediated signaling pathway / Regulation of signaling by CBL / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / 凝固・線溶系 / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / G alpha (12/13) signalling events / cell-cell junction / 遊走 / cellular response to xenobiotic stimulus / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Potential therapeutics for SARS / intracellular signal transduction / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene vav / Lymphocyte cytosolic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Tanaka, M. / Kasai, T. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the VAV1 SH2 domain complexed with a tyrosine-phosphorylated peptide from SLP76
著者: Kasai, T. / Tanaka, M. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2008年4月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene vav
B: 15-meric peptide from Lymphocyte cytosolic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2902
ポリマ－17,2902
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene vav


分子量: 15496.418 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 domain, UNP residues 629-775 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: E. coli cell free / 遺伝子: VAV1 / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: P15498
#2: タンパク質・ペプチド 15-meric peptide from Lymphocyte cytosolic protein 2 / SH2 domain-containing leukocyte protein of 76 kDa / SLP-76 tyrosine phosphoprotein / SLP76


分子量: 1793.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 参照: UniProt: Q13094
配列の詳細THIS PROTEIN HAS A DELETION REGION AGAINST THE DATABASE REFERENCE, VAV_HUMAN. THE DEPOSITOR BELIEVE ...THIS PROTEIN HAS A DELETION REGION AGAINST THE DATABASE REFERENCE, VAV_HUMAN. THE DEPOSITOR BELIEVE THAT THIS PROTEIN IS A VARIANT, EVEN THOUGH IT HAS NOT BEEN REFERRED IN ANY DATABASES.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1313D F1-15N,13C-filtered 15N-separated NOESY
1413D F1-15N,13C-filtered 13C-separated NOESY
1512D F2-15N,13C-filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.08mM [U-13C; U-15N] Proto-oncogene vav; 1.08mM tyrosine-phosphorylated peptide; 20mM [U-2H] TRIS; 100mM sodium chloride; 0.02% sodium azide; 1mM [U-2H] DTT; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.08 mMentity_1[U-13C; U-15N]1
1.08 mMentity_21
20 mMTRIS[U-2H]1
100 mMsodium chloride1
0.02 %sodium azide1
1 mMDTT[U-2H]1
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.6Bruker Biospincollection
NMRPipe2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
KUJIRA0.9837Kobayashi, N.データ解析
KUJIRA0.9837Kobayashi, N.peak picking
KUJIRA0.9837Kobayashi, N.chemical shift assignment
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2918 / NOE intraresidue total count: 686 / NOE long range total count: 945 / NOE medium range total count: 443 / NOE sequential total count: 741 / Protein chi angle constraints total count: 122 / Protein other angle constraints total count: 94 / Protein phi angle constraints total count: 172 / Protein psi angle constraints total count: 172
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 6.94 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 10.43 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.48 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0047 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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