+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rht | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the S112A mutant of a C-C hydrolase, BphD from Burkholderia xenovorans LB400, in complex with 3-Cl HOPDA | ||||||
要素 | 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / C-C bond hydrolase / Aromatic hydrocarbons catabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / : 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia xenovorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bhowmik, S. / Bolin, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: The Molecular Basis for Inhibition of BphD, a C-C Bond Hydrolase Involved in Polychlorinated Biphenyls Degradation: LARGE 3-SUBSTITUENTS PREVENT TAUTOMERIZATION. 著者: Bhowmik, S. / Horsman, G.P. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rht.cif.gz | 76.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2rht.ent.gz | 55.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/2rht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/2rht | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31749.268 Da / 分子数: 1 / 変異: S112A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Burkholderia xenovorans (バクテリア) / 株: LB400 / 参照: UniProt: P47229, EC: 3.7.1.- |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-C1E / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-MLI / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.9 M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→83.33 Å / Num. obs: 33456 / % possible obs: 99.56 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rsym value: 6.6 / Net I/σ(I): 29.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3297 / Rsym value: 49.2 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→83.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.696 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.065 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.157 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→83.33 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
|