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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rbv | ||||||
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タイトル | Cytochrome C Peroxidase in complex with (1-methyl-1h-pyrrol-2-yl)-methylamine | ||||||
要素 | Cytochrome C Peroxidaseシトクロムcペルオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / heme binding ...シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / heme binding / ミトコンドリア / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.39 Å | ||||||
データ登録者 | Graves, A.P. / Boyce, S.E. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing. 著者: Graves, A.P. / Shivakumar, D.M. / Boyce, S.E. / Jacobson, M.P. / Case, D.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rbv.cif.gz | 153.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rbv.ent.gz | 118.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/2rbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/2rbv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2rayC 2razC 2rb0C 2rb1C 2rb2C 2rbnC 2rboC 2rbpC 2rbqC 2rbrC 2rbsC 2rbtC 2rbuC 2rbwC 2rbxC 2rbyC 2rbzC 2rc0C 2rc1C 2rc2C 1ac4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33198.867 Da / 分子数: 1 / 変異: W191G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: YJM789 / 遺伝子: ccp1, ccp, cpo / プラスミド: PT7CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A7A026, UniProt: P00431*PLUS, シトクロムcペルオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-278 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 6 詳細: MES, MPD, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K, pH 6.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日 / 詳細: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111) |
放射 | モノクロメーター: KHOZU DOUBLE FLAT CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 82773 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1AC4 解像度: 1.39→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.164 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.39→1.43 Å / Total num. of bins used: 20
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