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- PDB-2r61: Crystal structure of the Staphylococcal superantigen-like protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r61
タイトルCrystal structure of the Staphylococcal superantigen-like protein SSL5 in complex with sialyl-Lewis X at pH 7.4
要素Exotoxin 3外毒素
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SSL5 / superantigen-like (スーパー抗原) / sialyl Lewis X / sialic acid binding (シアル酸) / CHIPS
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン ...Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Βバレル / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialyl-Lewis X antigen, beta anomer / S,R MESO-TARTARIC ACID / 外毒素
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Baker, H.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of the staphylococcal toxin SSL5 in complex with sialyl Lewis X reveal a conserved binding site that shares common features with viral and bacterial sialic acid binding proteins
著者: Baker, H.M. / Basu, I. / Chung, M.C. / Caradoc-Davies, T. / Fraser, J.D. / Baker, E.N.
履歴
登録2007年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02019年7月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / software / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exotoxin 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4655
ポリマ－24,3671
非ポリマー1,0984
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.223, 52.223, 236.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Exotoxin 3 / 外毒素 / superantigen-like protein SSL5


分子量: 24366.910 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-234 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Gl10 / 遺伝子: ssl5 / プラスミド: pET32a.3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZFS6
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Sialyl-Lewis X antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 抗原抗原 / 分子量: 820.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Sialyl-Lewis X antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4/a3-b1_a4-c1_c3-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 62分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE TETRASACCHARIDE SIALYL-LEWIS X IS PRESENT AS A LIGAND IN THIS STRUCTURE AND IS NOT COVALENTLY ...THE TETRASACCHARIDE SIALYL-LEWIS X IS PRESENT AS A LIGAND IN THIS STRUCTURE AND IS NOT COVALENTLY BOUND TO THE PROTEIN MOLECULE.
配列の詳細THE CONFLICTS BETWEEN THE SEQUENCE FOR THIS STRUCTURE AND THE DATABASE SEQUENCE ARISE FROM THE ...THE CONFLICTS BETWEEN THE SEQUENCE FOR THIS STRUCTURE AND THE DATABASE SEQUENCE ARISE FROM THE ALLELIC VARIATION BETWEEN STAPHYLOCOCCUS AUREUS STRAINS SEEN FOR SOME OF THESE SUPERANTIGEN-LIKE PROTEINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% PEG 3340, 0.2M disodium tartrate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: VariMax-HF Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→59.164 Å / Num. obs: 9300 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 10136 / Num. unique all: 1301 / Rsym value: 0.484 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å35.07 Å
Translation2.75 Å35.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M4V

1m4v


解像度: 2.75→35.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 22.525 / SU ML: 0.25 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.586 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26859 439 4.8 %RANDOM
Rwork0.20949 ---
obs0.21216 8789 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.542 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→35.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 73 59 1761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7442.0022317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.655193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67623.64785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.93315320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.5881511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.21122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1070.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6281.5990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06421554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8523831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8814.5763
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 28 -
Rwork0.281 604 -
all-632 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19322.19441.94557.39726.51359.18370.04390.05450.41210.1487-0.44360.4456-0.6143-0.48180.39970.3730.13310.02920.40320.15590.11915.331.39730.756
27.0195-3.7469-2.035315.72550.03852.1128-0.42691.12730.4364-0.60810.4184-0.8834-0.5446-0.08720.00850.4143-0.00910.01330.65770.03250.10857.307-5.00912.579
35.77762.2649-2.15214.36490.55755.70020.08880.85230.5128-0.88750.0387-0.0519-0.37970.3168-0.12750.32270.0158-0.03740.60120.06310.022211.133-7.36218.732
42.27060.1375-0.19873.38220.54181.87010.1185-0.08160.14850.13970.0603-0.0833-0.1378-0.0376-0.17880.25890.0203-0.00970.36520.0476-0.03428.612-8.32839.63
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 3612 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2AA37 - 5341 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3AA54 - 8458 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4AA87 - 20491 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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