PDB-2qsa: Crystal structure of J-domain of DnaJ homolog dnj-2 precursor fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qsa

タイトル

Crystal structure of J-domain of DnaJ homolog dnj-2 precursor from C.elegans.

要素

DnaJ homolog dnj-2

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) / J-domain /

hsp40 (Hsp40) / APC90001.8 /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

フォールディング / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Gu, M. / Voisine, C. / Morimoto, R.I. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of J-domain of DnaJ homolog dnj-2 precursor from C.elegans.
著者: Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Gu, M. / Voisine, C. / Morimoto, R.I. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qsa.cif.gz	41.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qsa.ent.gz	29.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qsa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qsa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qsa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o37 PDB 未公開エントリS 2och 4rwu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mkw-2 1xt3-1 2k0r-d 3rz3-4 5b79-d 3mqm-2 2vqg-2 1y16-d 1c76-d 3mya-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90001.8

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: DnaJ homolog dnj-2

ヘテロ分子

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.148, 81.148, 60.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-365- HOH
2	1	A-366- HOH
3	1	A-392- HOH

#1: タンパク質	DnaJ homolog dnj-2 / DnaJ domain protein 2 分子量: 13115.672 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal J domain: Residues 24-129 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 株: Bristol N2 / 遺伝子: dnj-2, B0035.2 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q17433
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.5 M NaCl, 0.1 M Tris buffer pH 7.0, 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月5日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→27.7 Å / Num. all: 16389 / Num. obs: 16389 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 33.7
反射シェル	解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique all: 848 / % possible all: 74.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2O37

2o37
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.68→27.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.196 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1803	829	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1631	-	-	-
all	0.1639	15558	-	-
obs	0.1639	15558	97.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.524 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→27.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	871	0	1	109	981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.968	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.043	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.92	24.225	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.01	15	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.767	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.147	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.266	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.067	1.5	589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.496	2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.451	3	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.521	4.5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	48	-
R_work	0.276	883	-
obs	-	931	75.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1934	0.8226	2.8779	2.9132	1.6205	6.9961	-0.0691	-0.0783	0.0122	0.1444	0.0161	0.1249	-0.15	-0.4923	0.053	-0.012	0.0032	0.0111	0.0388	-0.0028	0.0071	15.4304	3.5367	28.0875
2	1.2555	-0.2178	-1.2342	0.7113	-0.5617	2.1068	0.0288	-0.2338	0.128	-0.0077	0.052	0.0079	-0.0773	0.1681	-0.0808	0.0162	-0.0313	0.0025	0.0266	-0.0288	0.0049	24.7488	5.692	22.3509
3	2.058	-3.6799	-4.6547	11.7814	5.7472	11.8032	0.5061	0.1551	0.5789	-0.0669	0.3932	-0.5226	-0.623	0.222	-0.8993	0.1098	-0.0794	0.1027	-0.0769	-0.0537	0.0772	27.1859	14.2213	15.6258
4	0.037	-0.2594	0.2065	1.8232	-1.348	3.8491	0.0153	-0.0082	0.0385	0.0874	0.0604	-0.0507	-0.193	0.2835	-0.0757	0.0171	-0.0228	0.0078	0.047	-0.0076	-0.0193	31.0179	2.3894	12.1195
5	0.9027	-1.1932	-0.8875	7.8179	-4.8231	6.6336	0.1364	0.0434	0.1002	-0.1903	-0.4167	0.1241	0.4384	0.8875	0.2804	0.0361	0.0767	-0.0169	0.0671	0.0024	-0.0429	34.5206	-8.9554	16.8597
6	15.4846	1.558	7.66	41.424	-14.5582	9.4832	-0.4632	-0.0476	-0.4364	1.0172	-0.5832	-1.3585	0.9834	1.0337	1.0464	0.3036	0.1942	-0.0053	-0.1034	0.0418	-0.0656	35.0892	-17.9802	23.8775
7	3.4497	-1.4572	0.7311	1.3024	0.2909	0.6787	0.069	0.1592	-0.191	0.2288	0.0185	0.2174	0.2469	-0.0736	-0.0875	0.1143	0.0381	0.022	-0.0204	-0.0097	-0.019	28.1307	-12.1653	23.1643
8	0.5087	-0.1397	1.005	0.1643	0.2475	4.1623	0.0866	0.0409	-0.0753	0.0518	-0.0292	0.1075	0.0904	0.0399	-0.0574	0.0173	0.0025	0.0137	0.0208	-0.0061	0.0045	24.1913	-3.8064	17.9092
9	3.6246	-0.0323	-1.6251	0.4443	0.7145	1.8324	0.0167	0.1164	0.1918	-0.0765	0.0532	-0.0047	-0.0478	-0.0654	-0.0699	0.0197	0.0141	-0.0174	-0.0061	0.0194	0.0088	14.9475	6.9982	17.0171
10	5.7811	0.7066	-1.2448	3.009	1.2164	0.9089	-0.2772	0.2268	-0.2929	-0.1254	0.2352	-0.107	-0.1793	-0.1509	0.042	-0.0369	-0.0111	0.0159	0.0476	-0.015	0.0242	6.2051	2.1645	18.8636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	22 - 32	2 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	33 - 45	13 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	46 - 49	26 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	50 - 61	30 - 41
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	62 - 67	42 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	68 - 74	48 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	75 - 82	55 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	83 - 89	63 - 69
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	90 - 109	70 - 89
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	110 - 122	90 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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