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万見
- PDB-2qlg: mPlum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qlg
タイトルmPlum
要素(Fluorescent protein plum蛍光) x 2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / far-red fluorescent protein / acylimine
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluorescent protein plum
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shu, X. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Studies of Far-Red Emission in mPlum, a Monomeric Red Fluorescent Protein
著者: Shu, X. / Wang, L. / Colip, L. / Kallio, K. / Remington, S.J.
履歴
登録2007年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 400COMPOUND RELATED TO PROTEIN THE TWO CHAINS IN ASSYMETRIC UNIT HAD THE SAME SEQUENCE EXCEPT AT THE ...COMPOUND RELATED TO PROTEIN THE TWO CHAINS IN ASSYMETRIC UNIT HAD THE SAME SEQUENCE EXCEPT AT THE CHROMPHORE. THE CH6 OF CHAIN A AND NRQ OF CHAIN B BOTH COME FROM THE SAME PARENT RESIDUES MET, TYR AND GLY. AUTHOR STATED THAT THE CA1-N BOND OF CH6 IS SINGLE BOND BUT THE CA1-N OF NRQ IS DOUBLE BOND THAT EXTENDS THE CHROMOPHORE CONJUGATION SYSTEM. THIS IS THE ONLY DIFFERENCE BETWEEN CR2 AND CR3. AUTHOR ALSO STATED THAT CR2 IS A RED FLUORESCENT PROTEIN CHROMOPHORE, WHILE CR3 IS A GREEN FLUORESCENT PROTEIN CHROMOPHORE, DUE TO DIFFERENT CONJUGATION LENGTH.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein plum
B: Fluorescent protein plum


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2122
ポリマ－51,2122
非ポリマー00
水8,791488
1
A: Fluorescent protein plum


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6071
ポリマ－25,6071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fluorescent protein plum


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6051
ポリマ－25,6051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.192, 78.276, 96.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fluorescent protein plum / 蛍光


分子量: 25606.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク)
プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q5S3G7
#2: タンパク質 Fluorescent protein plum / 蛍光


分子量: 25604.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S3G7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 200mM NaCl, 100mM Tris pH8.5, 30% PEG 3400

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器日付: 2005年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 43227

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
TNT精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1G7K

1g7k


解像度: 1.8→10 Å
Rfactor反射数
Rfree0.243 -
Rwork0.173 -
all0.173 -
obs0.173 43227
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3457 0 0 488 3945

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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