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- PDB-2q04: Crystal structure of acetoin utilization protein (ZP_00540088.1) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q04
タイトルCrystal structure of acetoin utilization protein (ZP_00540088.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 2.33 A resolution
要素Acetoin utilization protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ZP_00540088.1 / acetoin utilization protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


acetoin dehydrogenase activity / acetoin catabolic process / N-acetyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetoin utilization protein AcuA / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / Acetoin utilization protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of acetoin utilization protein (ZP_00540088.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 2.33 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acetoin utilization protein
B: Acetoin utilization protein
C: Acetoin utilization protein
D: Acetoin utilization protein
E: Acetoin utilization protein
F: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,12824
ポリマ－147,1736
非ポリマー95518
水4,324240
1
A: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8557
ポリマ－24,5291
非ポリマー3266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5692
ポリマ－24,5291
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6313
ポリマ－24,5291
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6934
ポリマ－24,5291
非ポリマー1643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6894
ポリマ－24,5291
非ポリマー1603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6914
ポリマ－24,5291
非ポリマー1623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12210 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area52560 Å2
手法PISA
8
C: Acetoin utilization protein
D: Acetoin utilization protein
E: Acetoin utilization protein
F: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,70415
ポリマ－98,1154
非ポリマー58911
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area37230 Å2
手法PISA
9
A: Acetoin utilization protein
B: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4249
ポリマ－49,0582
非ポリマー3667
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
10
A: Acetoin utilization protein
C: Acetoin utilization protein
D: Acetoin utilization protein
E: Acetoin utilization protein
F: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,55922
ポリマ－122,6445
非ポリマー91517
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area45430 Å2
手法PISA
11
B: Acetoin utilization protein
C: Acetoin utilization protein
D: Acetoin utilization protein
E: Acetoin utilization protein
F: Acetoin utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,27317
ポリマ－122,6445
非ポリマー62912
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area45840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.870, 128.580, 108.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61A
71B
81C
91D
101E
111F
121A
131B
141C
151D
161E
171F
181A
191B
201C
211D
221E
231F
241A
251B
261C
271D
281E
291F
301A
311B
321C
331D
341E
351F
361A
371B
381C
391D
401E
411F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYLYS6AA0 - 41 - 5
21PHELYS6BB2 - 43 - 5
31PHELYS6CC2 - 43 - 5
41GLYLYS6DD0 - 41 - 5
51GLYLYS6EE0 - 41 - 5
62GLNPRO4AA5 - 366 - 37
72GLNPRO4BB5 - 366 - 37
82GLNPRO4CC5 - 366 - 37
92GLNPRO4DD5 - 366 - 37
102GLNPRO4EE5 - 366 - 37
112GLNPRO4FF5 - 366 - 37
123GLYPRO6AA37 - 4438 - 45
133GLYPRO6BB37 - 4438 - 45
143GLYPRO6CC37 - 4438 - 45
153GLYPRO6DD37 - 4438 - 45
163GLYPRO6EE37 - 4438 - 45
173GLYPRO6FF37 - 4438 - 45
184ALATYR4AA45 - 13546 - 136
194ALATYR4BB45 - 13546 - 136
204ALATYR4CC45 - 13546 - 136
214ALATYR4DD45 - 13546 - 136
224ALATYR4EE45 - 13546 - 136
234ALATYR4FF45 - 13546 - 136
245TYRSER6AA136 - 147137 - 148
255TYRSER6BB136 - 147137 - 148
265TYRSER6CC136 - 147137 - 148
275TYRSER6DD136 - 147137 - 148
285TYRSER6EE136 - 147137 - 148
295TYRSER6FF136 - 147137 - 148
306VALLEU2AA148 - 203149 - 204
316VALLEU2BB148 - 203149 - 204
326VALLEU2CC148 - 203149 - 204
336VALLEU2DD148 - 203149 - 204
346VALLEU2EE148 - 203149 - 204
356VALLEU2FF148 - 203149 - 204
367ARGASP6AA204 - 210205 - 211
377ARGMSE6BB204 - 208205 - 209
387ARGTYR6CC204 - 209205 - 210
397ARGTYR6DD204 - 209205 - 210
407ARGTYR6EE204 - 209205 - 210
417ARGMSE6FF204 - 208205 - 209
詳細SIZE EXCLUSION WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
要素

#1: タンパク質
Acetoin utilization protein


分子量: 24528.775 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)
株: 255-15 / 遺伝子: ZP_00540088.1, ExigDRAFT_0571 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q41BL0, UniProt: B1YKD7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NANODROP, 5.7% PEG 8000, 0.2M Calcium acetate, 0.1M Imidazole pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97936, 0.97925
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979361
30.979251
反射解像度: 2.33→29.336 Å / Num. obs: 73748 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 50.785 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 7.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.33-2.410.451.481131345289.7
2.41-2.510.3691.688811443389.7
2.51-2.620.3141.984241349189.3
2.62-2.760.2392.587281405189.6
2.76-2.930.1683.587091370089
2.93-3.160.1075.289441400688.8
3.16-3.480.0648.189671390488.5
3.48-3.980.03513.488681368688.4
3.98-50.02418.390881356987.8
50.0212091461343885.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.33→29.336 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 19.82 / SU ML: 0.227 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.24
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CALCIUM AND ACETATE FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTIONS WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. ETHYLENE GLYCOL USED AS A CRYOPROTECTANT WAS MODELED INTO THE STRUCTURE. 6. UNEXPLAINED DIFFERENCE ELECTRON DENSITIES NEAR GLY 112 IN THE D AND E SUBUNITS WERE NOT MODELED. 7. ARG B205, PHE B207, ASP C35, AND PRO C36 WERE MODELED INTO ELECTRON DENSITY BUT ARE RAMACHANDRAN OUTLIERS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3696 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.231 73722 93.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å20 Å2-2.01 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→29.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9788 0 51 240 10079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7561.95113809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.562321065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.29751260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.89423.608474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.214151577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0061562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.32290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.39503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.54959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.55600
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.5537
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0670.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.58
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.71526399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.19722542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.181410025
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.31264304
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.07483777
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A327TIGHT POSITIONAL0.070.05
2B327TIGHT POSITIONAL0.070.05
3C327TIGHT POSITIONAL0.040.05
4D327TIGHT POSITIONAL0.080.05
5E327TIGHT POSITIONAL0.060.05
11F327TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A2136MEDIUM POSITIONAL0.470.5
2B2136MEDIUM POSITIONAL0.50.5
3C2136MEDIUM POSITIONAL0.450.5
4D2136MEDIUM POSITIONAL0.570.5
5E2136MEDIUM POSITIONAL0.470.5
11F2136MEDIUM POSITIONAL0.510.5
1A302LOOSE POSITIONAL1.325
2B302LOOSE POSITIONAL1.535
3C302LOOSE POSITIONAL1.675
4D302LOOSE POSITIONAL1.455
5E302LOOSE POSITIONAL1.585
11F302LOOSE POSITIONAL1.435
1A327TIGHT THERMAL0.090.5
2B327TIGHT THERMAL0.070.5
3C327TIGHT THERMAL0.080.5
4D327TIGHT THERMAL0.110.5
5E327TIGHT THERMAL0.080.5
11F327TIGHT THERMAL0.070.5
1A2136MEDIUM THERMAL0.52
2B2136MEDIUM THERMAL0.512
3C2136MEDIUM THERMAL0.442
4D2136MEDIUM THERMAL0.652
5E2136MEDIUM THERMAL0.552
11F2136MEDIUM THERMAL0.452
1A302LOOSE THERMAL4.0610
2B302LOOSE THERMAL3.7210
3C302LOOSE THERMAL1.5710
4D302LOOSE THERMAL5.3110
5E302LOOSE THERMAL3.4510
11F302LOOSE THERMAL2.2510
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 266 -
Rwork0.332 5278 -
obs-5544 95.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.67492.08821.8853.94441.16324.2849-0.06430.129-0.0285-0.26210.1262-0.198-0.24520.3183-0.0619-0.16030.00080.0325-0.2154-0.1191-0.18193.98181.98542.2773
24.974-2.35231.32734.5461-1.15533.6792-0.0897-0.1310.14850.38070.1157-0.0188-0.1121-0.2582-0.026-0.10430.06820.0079-0.21520.0757-0.1683-20.172885.29579.2964
34.00751.55840.18552.99140.73135.13430.1064-0.63980.7350.3886-0.57650.86330.0237-1.16650.4701-0.1118-0.07390.15530.3785-0.3440.0217-25.074262.019953.9416
45.7428-1.62491.32373.27580.03182.8354-0.119-0.3895-0.2606-0.0170.13620.32440.1268-0.0259-0.0172-0.32410.0430.0736-0.2601-0.0041-0.3718.103844.30135.4481
54.78012.15441.53432.92430.15652.4913-0.14210.3713-0.18310.00760.1386-0.20340.15240.21730.0035-0.2936-0.0413-0.002-0.1893-0.0016-0.2526-25.695245.405716.2946
65.918-3.34760.46895.128-0.76584.66580.63251.04040.9857-0.8094-0.7107-0.9557-0.33080.65920.07820.04330.08140.15390.13170.2199-0.01067.908663.6393-1.3784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 2101 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 2063 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 2093 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 2093 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5EE0 - 2091 - 210
6X-RAY DIFFRACTION6FF5 - 2086 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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