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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2px9 | ||||||
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タイトル | The intrinsic affinity between E2 and the Cys domain of E1 in Ubiquitin-like modifications | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Ubiquitination (ユビキチン) / SUMO (SUMOタンパク質) / E1 / E2 / Ubc9 / SAE2 / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / paramagnetic spin-labeling | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SUMO activating enzyme complex / SUMO activating enzyme activity / positive regulation of SUMO transferase activity / SUMO conjugating enzyme activity / RING-like zinc finger domain binding / SUMO ligase complex / SUMOylation of nuclear envelope proteins / transferase complex / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) ...SUMO activating enzyme complex / SUMO activating enzyme activity / positive regulation of SUMO transferase activity / SUMO conjugating enzyme activity / RING-like zinc finger domain binding / SUMO ligase complex / SUMOylation of nuclear envelope proteins / transferase complex / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / mitotic nuclear membrane reassembly / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMO binding / synaptonemal complex / small protein activating enzyme binding / positive regulation of protein sumoylation / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of immune response proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Maturation of nucleoprotein / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMOylation of RNA binding proteins / 核外搬出シグナル / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / SUMO transferase activity / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / Maturation of nucleoprotein / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / protein sumoylation / transcription factor binding / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / 核膜孔 / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / chromosome segregation / transcription coregulator binding / protein modification process / SUMOylation of intracellular receptors / PKR-mediated signaling / PML body / Formation of Incision Complex in GG-NER / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 核膜 / Processing of DNA double-strand break ends / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transferase activity / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / RNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
データ登録者 | Wang, J.H. / Hu, W.D. / Cai, S. / Lee, B. / Song, J. / Chen, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007 タイトル: The intrinsic affinity between E2 and the Cys domain of E1 in ubiquitin-like modifications. 著者: Wang, J. / Hu, W. / Cai, S. / Lee, B. / Song, J. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2px9.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2px9.ent.gz | 2.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2px9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/2px9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/2px9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24833.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9UBT2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18030.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P63279, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.15-0.6mM E1 Cys domain, 0.15-0.7mM Ubc9, 50mM Phosphate buffer 溶媒系: 50mM Phosphate buffer |
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試料状態 | イオン強度: 50mM Phosphate / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |