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万見
- PDB-2ple: NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE STRUCTURE OF AN SH2 DOMAIN OF PHOSPHOL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ple
タイトルNUCLEAR MAGNETIC RESONANCE STRUCTURE OF AN SH2 DOMAIN OF PHOSPHOLIPASE C-GAMMA1 COMPLEXED WITH A HIGH AFFINITY BINDING PEPTIDE
要素
  • PHOSPHOLIPASE C GAMMA-1, C-TERMINAL SH2 DOMAIN
  • PHOSPHOPEPTIDE FROM PDGF
キーワードPHOSPHORIC DIESTER HYDROLASE (ホスホジエステラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet activating factor receptor activity / platelet-derived growth factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / smooth muscle cell chemotaxis / calcium-dependent phospholipase C activity / metanephric glomerular capillary formation / cell migration involved in vasculogenesis ...platelet activating factor receptor activity / platelet-derived growth factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / smooth muscle cell chemotaxis / calcium-dependent phospholipase C activity / metanephric glomerular capillary formation / cell migration involved in vasculogenesis / aorta morphogenesis / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / vascular endothelial growth factor binding / phospholipid catabolic process / cardiac myofibril assembly / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of chemotaxis / Signaling by PDGF / phosphatidylinositol phospholipase C activity / COP9 signalosome / platelet-derived growth factor receptor binding / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of calcium ion import / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of phospholipase C activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ruffle / lysosomal lumen / cell chemotaxis / Downstream signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of mitotic nuclear division / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of MAP kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 受容体型チロシンキナーゼ / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / PIP3 activates AKT signaling / lamellipodium / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / in utero embryonic development / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / ゴルジ体 / enzyme binding / シグナル伝達 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor receptor beta / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y ...Platelet-derived growth factor receptor beta / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / SH2ドメイン / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / SHC Adaptor Protein / C2ドメイン / C2 domain profile. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / SH2 domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 / Platelet-derived growth factor receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR
データ登録者Pascal, S.M. / Singer, A.U. / Gish, G. / Yamazaki, T. / Shoelson, S.E. / Pawson, T. / Kay, L.E. / Forman-Kay, J.D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: Nuclear magnetic resonance structure of an SH2 domain of phospholipase C-gamma 1 complexed with a high affinity binding peptide.
著者: Pascal, S.M. / Singer, A.U. / Gish, G. / Yamazaki, T. / Shoelson, S.E. / Pawson, T. / Kay, L.E. / Forman-Kay, J.D.
履歴
登録1994年8月19日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE C GAMMA-1, C-TERMINAL SH2 DOMAIN
B: PHOSPHOPEPTIDE FROM PDGF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7562
ポリマ－13,7562
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: RESIDUES A 1 - A 10, A 99 - A 105, B 1 - B 2, AND B 11 - B 12 ARE DISORDERED IN SOLUTION; THEREFORE, COORDINATES DISPLAY LARGE RMSD VALUES FOR THESE ATOMS.
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE C GAMMA-1, C-TERMINAL SH2 DOMAIN


分子量: 12275.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P08487, phosphoinositide phospholipase C
#2: タンパク質・ペプチド PHOSPHOPEPTIDE FROM PDGF /


分子量: 1480.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P09619

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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