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- PDB-2pfx: Crystal structure of uncharacterized peroxidase-related protein (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pfx
タイトルCrystal structure of uncharacterized peroxidase-related protein (YP_614459.1) from Silicibacter sp. TM1040 at 1.70 A resolution
要素Uncharacterized peroxidase-related protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / YP_614459.1 / uncharacterized peroxidase-related protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
AhpD-like / Uncharacterised peroxidase-related / Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Uncharacterized peroxidase-related
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized peroxidase-related protein (YP_614459.1) from Silicibacter sp. TM1040 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE HEXAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized peroxidase-related protein
B: Uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5706
ポリマ－44,2232
非ポリマー3484
水5,675315
1
A: Uncharacterized peroxidase-related protein
B: Uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized peroxidase-related protein
B: Uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized peroxidase-related protein
B: Uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,71118
ポリマ－132,6686
非ポリマー1,04312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area22310 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area41120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.069, 85.069, 105.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized peroxidase-related protein


分子量: 22111.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Silicibacter sp. (バクテリア) / 株: TM1040 / 遺伝子: YP_614459.1, TM1040_2465 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q1GDR9
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 277 K / pH: 4.5
詳細: NANODROP, 0.1M NaCl, 30.0% PEG 200, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 4.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97908, 0.97929
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月1日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979081
30.979291
反射解像度: 1.7→27.842 Å / Num. obs: 47633 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.437 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→27.84 Å / Num. parameters: 13529 / Num. restraintsaints: 13579 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ACETATE (ACT) MOLECULES, CL ION AND TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4) FROM THE CRYSTALLIZATION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 4. THE SHELXL WAS USED FOR REFINEMENT WITH THE TWIN LAW K,H,-L AND A REFINED TWIN FRACTION OF 0.35. 5. THE R-FREE SET WAS GENERATED WITH THE TWIN LAW. 6. REFINEMENT WAS AGAINST INTENSITY DATA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 2281 4.8 %RANDOM EXPANDED BY TWIN LAW
all0.117 49885 --
obs0.114 -100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.798 Å2
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 2887 / Occupancy sum non hydrogen: 3307.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 22 315 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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