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万見
- PDB-2p6u: Apo structure of the Hel308 superfamily 2 helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p6u
タイトルApo structure of the Hel308 superfamily 2 helicase
要素afuHEL308 HELICASE
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / archaeal Helicase / SF2 helicase / DNA repair (DNA修復)
機能・相同性
機能・相同性情報


Sec63 N-terminal domain-like fold - #30 / Sec63 N-terminal domain-like fold / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Buettner, K. / Nehring, S. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for DNA duplex separation by a superfamily-2 helicase.
著者: Buttner, K. / Nehring, S. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2007年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 1-691 MATCH THE GENBANK ACCESSION NP_071282. NO SUITABLE UNIPROT SEQUENCE ...SEQUENCE RESIDUES 1-691 MATCH THE GENBANK ACCESSION NP_071282. NO SUITABLE UNIPROT SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: afuHEL308 HELICASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,07311
ポリマ－79,1231
非ポリマー95010
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.150, 136.150, 230.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 afuHEL308 HELICASE


分子量: 79122.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
プラスミド: pET-29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M NaCitrate pH 5.6; 1 M (NH4)2PO4; 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11
シンクロトロンESRF ID2920.9797, 0.9795
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年2月12日
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年2月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97971
30.97951
反射解像度: 3.14→20 Å / Num. obs: 22283 / % possible obs: 46.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.081
反射 シェル最高解像度: 3.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 62.2 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.14→20 Å / σ(F): 390 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 1062 4.5 %
Rwork0.23 --
all-22283 -
obs-21877 93 %
溶媒の処理Bsol: 22.206 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 57.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.898 Å2-10.942 Å20 Å2
2--7.898 Å20 Å2
3----15.796 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5318 0 50 0 5368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.656
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8052
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0682.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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