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万見
- PDB-2p0d: ArhGAP9 PH domain in complex with Ins(1,4,5)P3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p0d
タイトルArhGAP9 PH domain in complex with Ins(1,4,5)P3
要素Rho GTPase-activating protein 9
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / Protein-phosphoinositide complex / Pleckstrin homology domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of small GTPase mediated signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / secretory granule lumen / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular region ...regulation of small GTPase mediated signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / secretory granule lumen / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho GTPase-activating protein 9, SH3 domain / : / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) ...Rho GTPase-activating protein 9, SH3 domain / : / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / WW domain / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / Rho GTPase-activating protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.811 Å
データ登録者Ceccarelli, D.F.J. / Blasutig, I. / Goudreault, M. / Ruston, J. / Pawson, T. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Non-canonical Interaction of Phosphoinositides with Pleckstrin Homology Domains of Tiam1 and ArhGAP9.
著者: Ceccarelli, D.F. / Blasutig, I.M. / Goudreault, M. / Li, Z. / Ruston, J. / Pawson, T. / Sicheri, F.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho GTPase-activating protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8452
ポリマ－14,4251
非ポリマー4201
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.510, 95.110, 29.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Rho GTPase-activating protein 9


分子量: 14425.402 Da / 分子数: 1 / 断片: Pleckstrin homology domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGAP9 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon plus / 参照: UniProt: Q9BRR9
#2: 化合物 ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 26% PEG4000, 100mM HEPES, 10% glycerol, 5mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月29日 / 詳細: bent-flat Si-mirror (Rh coated)
放射モノクロメーター: Si (111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 11480 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.096 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.361 / Num. unique all: 1066 / Χ2: 1.072 / % possible all: 93.6

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.96 Å31.27 Å
Translation1.96 Å31.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.811→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.768 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 534 4.8 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2 11190 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.811→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数861 0 24 72 957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9821.9581235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.375107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.76921.1942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56215146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7221511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8041.5552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8922850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8733408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4874.5384
LS精密化 シェル解像度: 1.811→1.858 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 33 -
Rwork0.28 714 -
obs-747 90.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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