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万見
- PDB-2ovp: Structure of the Skp1-Fbw7 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovp
タイトルStructure of the Skp1-Fbw7 complex
要素
  • F-box/WD repeat protein 7
  • S-phase kinase-associated protein 1A
キーワードTRANSCRIPTION/CELL CYCLE / F-box (Fボックスタンパク質) / WD40 domains / TRANSCRIPTION-CELL CYCLE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of SREBP signaling pathway / negative regulation of triglyceride biosynthetic process / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of lipid storage / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / ubiquitin recycling / ubiquitin-protein transferase activator activity ...negative regulation of SREBP signaling pathway / negative regulation of triglyceride biosynthetic process / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of lipid storage / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / ubiquitin recycling / ubiquitin-protein transferase activator activity / regulation of mitophagy / PcG protein complex / phosphothreonine residue binding / regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of osteoclast development / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / maintenance of protein location in nucleus / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / vasculature development / sister chromatid cohesion / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / SCF複合体 / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of Notch signaling pathway / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / lipid homeostasis / cullin family protein binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / 脈管形成 / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Notchシグナリング / Regulation of BACH1 activity / cyclin binding / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / molecular function activator activity / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / lung development / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / protein destabilization / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / regulation of circadian rhythm / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RUNX2 expression and activity / cellular response to UV / Cyclin D associated events in G1 / rhythmic process / regulation of protein localization / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein-macromolecule adaptor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Circadian Clock / Downstream TCR signaling / Neddylation / 染色体 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein stabilization / protein ubiquitination / クロマチンリモデリング / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / DNA修復 / 中心体 / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #50 / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Fボックスタンパク質 ...Monooxygenase - #50 / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Fボックスタンパク質 / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Monooxygenase / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-phase kinase-associated protein 1 / F-box/WD repeat-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hao, B. / Oehlmann, S. / Sowa, M.E. / Harper, J.W. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structure of a Fbw7-Skp1-Cyclin E Complex: Multisite-Phosphorylated Substrate Recognition by SCF Ubiquitin Ligases
著者: Hao, B. / Oehlmann, S. / Sowa, M.E. / Harper, J.W. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2007年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: F-box/WD repeat protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1332
ポリマ－67,1332
非ポリマー00
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24150 Å2
手法PISA
2
A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: F-box/WD repeat protein 7

A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: F-box/WD repeat protein 7

A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: F-box/WD repeat protein 7

A: S-phase kinase-associated protein 1A
B: F-box/WD repeat protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,5308
ポリマ－268,5308
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_776-y+2,-x+2,-z+11
crystal symmetry operation10_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
Buried area23880 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area86220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)222.702, 222.702, 102.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1A / Skp1 / Cyclin A/CDK2-associated protein p19 / p19A / p19skp1 / RNA polymerase II elongation factor- ...Skp1 / Cyclin A/CDK2-associated protein p19 / p19A / p19skp1 / RNA polymerase II elongation factor-like protein / Organ of Corti protein 2 / OCP-II protein / OCP-2 / Transcription elongation factor B / SIII


分子量: 16853.164 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1A, EMC19, OCP2, SKP1, TCEB1L / プラスミド: engineered pGEX vector / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P63208
#2: タンパク質 F-box/WD repeat protein 7 / Fbw7 / F-box and WD-40 domain protein 7 / F-box protein FBX30 / hCdc4 / Archipelago homolog / hAgo / SEL-10


分子量: 50279.410 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal residues 263-707 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXW7, FBW7, FBX30, SEL10 / プラスミド: engineered pGEX vector / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q969H0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-Na, 1.2 M Li2SO4, 7.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9623 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 29283 / Num. obs: 29166 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 73.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 2865 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Skp1, b-TrCP1, and Cdc4

解像度: 2.9→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 190811.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1959 6.9 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all0.235 29166 --
obs0.235 28352 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.329906 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.82 Å20 Å20 Å2
2--2.82 Å20 Å2
3----5.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4557 0 0 119 4676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.62.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 303 6.6 %
Rwork0.304 4271 -
obs-3195 97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3localtoppa
X-RAY DIFFRACTION4localtoppa
X-RAY DIFFRACTION5ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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