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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oq6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide trimethylated at Lys9 | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / double-stranded beta helix / demethylase / oxygenase (酸素添加酵素) / SGC / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / epigenetic regulation of gene expression / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / response to nutrient levels / negative regulation of autophagy / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / 核小体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 遺伝子発現 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / クロマチンリモデリング / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Pilka, E.S. / Ng, S.S. / Kavanagh, K.L. / McDonough, M.A. / Savitsky, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Sundstrom, M. ...Pilka, E.S. / Ng, S.S. / Kavanagh, K.L. / McDonough, M.A. / Savitsky, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Schofield, C.J. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: Crystal structures of histone demethylase JMJD2A reveal basis for substrate specificity. 著者: Ng, S.S. / Kavanagh, K.L. / McDonough, M.A. / Butler, D. / Pilka, E.S. / Lienard, B.M. / Bray, J.E. / Savitsky, P. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Rose, N.R. / Offer, J. / Scheinost, J.C. / ...著者: Ng, S.S. / Kavanagh, K.L. / McDonough, M.A. / Butler, D. / Pilka, E.S. / Lienard, B.M. / Bray, J.E. / Savitsky, P. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Rose, N.R. / Offer, J. / Scheinost, J.C. / Borowski, T. / Sundstrom, M. / Schofield, C.J. / Oppermann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2oq6.cif.gz | 167.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2oq6.ent.gz | 130 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2oq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oq6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 44326.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD2A, JHDM3A, JMJD2, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 890.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: P68431*PLUS |
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-非ポリマー , 4種, 395分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 5.5 詳細: 0.1 M citrate, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 5.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99991 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.5 Å / Num. obs: 59834 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.919 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→41.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.142 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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