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- PDB-2obd: Crystal Structure of Cholesteryl Ester Transfer Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2obd
タイトルCrystal Structure of Cholesteryl Ester Transfer Protein
要素Cholesteryl ester transfer protein
キーワードLIPID TRANSPORT / cholesteryl ester / lipid transfer protein
機能・相同性
機能・相同性情報


triglyceride binding / positive regulation of phospholipid transport / triglyceride transport / LDL remodeling / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of cholesterol transport / phospholipid transporter activity / very-low-density lipoprotein particle remodeling / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipid homeostasis ...triglyceride binding / positive regulation of phospholipid transport / triglyceride transport / LDL remodeling / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of cholesterol transport / phospholipid transporter activity / very-low-density lipoprotein particle remodeling / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipid homeostasis / high-density lipoprotein particle remodeling / phosphatidylcholine binding / cholesterol transfer activity / reverse cholesterol transport / cholesterol transport / low-density lipoprotein particle remodeling / high-density lipoprotein particle / triglyceride homeostasis / HDL remodeling / cholesterol binding / triglyceride metabolic process / lipid transport / lipid homeostasis / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / vesicle / lipid binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cholesteryl ester transfer / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Lipid-binding serum glycoprotein, C-terminal / Lipid-binding serum glycoprotein, conserved site / LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain / LBP / BPI / CETP family signature. / BPI/LBP/CETP N-terminal domain / BPI/LBP/CETP C-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 ...Cholesteryl ester transfer / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Lipid-binding serum glycoprotein, C-terminal / Lipid-binding serum glycoprotein, conserved site / LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain / LBP / BPI / CETP family signature. / BPI/LBP/CETP N-terminal domain / BPI/LBP/CETP C-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Lipid-binding serum glycoprotein, N-terminal / Bactericidal permeability-increasing protein, alpha/beta domain superfamily / LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTERYL OLEATE / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Cholesteryl ester transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Qiu, X.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of cholesteryl ester transfer protein reveals a long tunnel and four bound lipid molecules.
著者: Qiu, X. / Mistry, A. / Ammirati, M.J. / Chrunyk, B.A. / Clark, R.W. / Cong, Y. / Culp, J.S. / Danley, D.E. / Freeman, T.B. / Geoghegan, K.F. / Griffor, M.C. / Hawrylik, S.J. / Hayward, C.M. / ...著者: Qiu, X. / Mistry, A. / Ammirati, M.J. / Chrunyk, B.A. / Clark, R.W. / Cong, Y. / Culp, J.S. / Danley, D.E. / Freeman, T.B. / Geoghegan, K.F. / Griffor, M.C. / Hawrylik, S.J. / Hayward, C.M. / Hensley, P. / Hoth, L.R. / Karam, G.A. / Lira, M.E. / Lloyd, D.B. / McGrath, K.M. / Stutzman-Engwall, K.J. / Subashi, A.K. / Subashi, T.A. / Thompson, J.F. / Wang, I.K. / Zhao, H. / Seddon, A.P.
履歴
登録2006年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年11月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 4.02021年10月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_branch_scheme.mon_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 / _pdbx_entity_branch_list.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 4.12023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholesteryl ester transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,48911
ポリマ－53,0981
非ポリマー4,39210
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.780, 70.320, 187.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cholesteryl ester transfer protein / / Lipid transfer protein I


分子量: 53097.750 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A, C131A, N88D, N240D, N341D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CETP / 細胞株 (発現宿主): Chinese Hamster Ovary DG44
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P11597
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 425分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-2OB / CHOLESTERYL OLEATE / (3BETA,9BETA,14BETA,17ALPHA)-CHOLEST-5-EN-3-YL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / コレステロ-ルオレア-ト


分子量: 651.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H78O2
#5: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ~30% PDE 400, 0.2M MgCl2, HEPES 0.1M, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID11
シンクロトロンESRF ID23-121
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月20日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 59800 / Num. obs: 52263 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.1→2.157 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→46.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.674 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 2176 5.1 %RANDOM
Rwork0.21689 ---
all0.22 52263 --
obs0.22 40673 81.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å20 Å2
2--2.07 Å20 Å2
3----3.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 0 301 416 4465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6352.0245572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4495475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90224.819166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.72515678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7021513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.22745
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.52431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22823855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86231864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0184.51717
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 70 -
Rwork0.3 1449 -
obs--39.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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