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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o3q | ||||||
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タイトル | Structural Basis for Formation and Hydrolysis of Calcium Messenger Cyclic ADP-ribose by Human CD38 | ||||||
要素 | ADP-ribosyl cyclase 1環状アデノシン二リン酸リボース | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Human CD38 E226Q mutant / the catalytic pocket / cADPR formation and hydrolysis / substrate binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Graeff, R. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Structural basis for formation and hydrolysis of the calcium messenger cyclic ADP-ribose by human CD38 著者: Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Graeff, R. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2o3q.cif.gz | 123.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2o3q.ent.gz | 93.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2o3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/2o3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/2o3q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | There are two biological units in the crystallographic asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30379.408 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain, residues 45-300 / 変異: Q49T, N100D, N164D, N209D, N219D, E226Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ヌクレオシダーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES, 12% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→30 Å / Num. all: 37397 / Num. obs: 34368 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.05 Å / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1YH3 解像度: 1.98→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 12.438 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.171 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.034 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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